修士論文

• 平成２１年度:石橋正守 「蛋白質リン酸化部位予測のための 局所配列とドメイン構造の特徴解析」
  （西谷　紘一，箱嶋　敏雄，川端　猛） 2010年3月
• 平成２１年度:加藤文彦 「結合部位予測とドッキング計算の組み合わせによるリガンド-蛋白質複合体構造予測」
  （西谷　紘一，箱嶋　敏雄，川端　猛） 2010年3月
• 平成２１年度:宮田　雄輔「複合体立体構造の比較によるプロテインキナーゼの阻害剤の構造特徴解析」
  （西谷　紘一，箱嶋　敏雄，川端　猛） 2010年3月
• 平成１９年度:吉井 悠喜 「変異アミノ酸・構造・進化情報を用いた病気関連nsSNPの予測」
  （横矢　直和，箱嶋　敏雄，川端　猛） 2008年3月 [PDFファイル]
• 平成１９年度:宮久保 博幸 「回転可能な非球体プローブを用いた蛋白質ポケット発見アルゴリズムの開発」
  （横矢　直和，箱嶋　敏雄，川端　猛） 2008年3月 [PDFファイル]
• 平成１８年度:渡邉　潤也 「非相同な蛋白質の同一リガンド結合部位における原子配置の類似性解析」
  （千原　國宏，金谷　重彦，箱嶋　敏雄，川端　猛） 2007年3月 [PDFファイル]

博士論文

• 平成１９年度：福原直志 「複合体立体構造モデルを用いたタンパク質間相互作用予測」(箱嶋敏雄、小笠原直毅、川端猛) 2007年6月 [PDFファイル]

国内学会での大学院生の発表

• 神園栄夫、川端　猛、河野憲二 "Molecular phylogenetic and evolutionary trace analysis for stress response protein IRE1". 第３２回日本分子生物学会年会, パシフィコ横浜,2009.12.12
  
• 宮田雄輔、川端　猛 「相同蛋白質の複合体構造データに基づいた結合リガンドの構造分類」、日本生物物理学会第47回年会、アスティとくしま, 2009.11.1
• 吉井悠喜、川端　猛 「変異サイトの溶媒露出度、ポケット度、アミノ酸頻度等に基づいたnsSNPsの表現型に与える影響の予測」 日本生物物理学会第45回年会、パシフィコ横浜、2007.12.21

  

投稿論文(査読つき)

• 2010

  • Kawabata T. (2010). "Detection of multi-scale pockets on protein surfaces using mathematical morphology" Proteins, 78, 1195-1211. [PubMed] [Link to GHECOM server]

• 2008
  • Kawabata T. 2008. "Multiple subunit fitting into a low-resolution density map of a macromolecular complex using Gaussian mixture model". Biophysical Journal, 95,4643-4658. [PubMed]
    Biophysical Journal の表紙に本講座の論文の図が載りました。 [より大きな図] [別の図]

  • Fukuhara N., Kawabata T. 2008. "HOMCOS: A server to predict interacting protein pairs and interacting sites by homology modeling of complex structures". Nucleic Acids Research, 36, Web server issue, W185-W189. [PubMed] [Nucl.Acids Res.] [Link to HOMCOS server]

• 2007
  • Fukuhara N., Go N., Kawabata T. 2007. "Prediction of Interacting Proteins from Homology-modeled Complex Structures Using Sequence and Structure Scores", BIOPHYSICS, Vol.3, pp 13.

  • Kawabata T, Go N. 2007. "Detection of pockets on protein surfaces using small and large probe spheres to find putative ligand binding sites". Proteins, 68, 516-529. [PubMed]

• 2006
  • Tsubota T, Tajima R, Ode K, Kubota H, Fukuhara N, Kawabata T, Maki S, Maki H. 2006. "Double-stranded DNA binding, an unusual property of DNA polymerase epsilon , promotes epigenetic silencing in Saccharomyces cerevisiae". J Biol Chem. 281(43),32898-908 [PubMed]

    J.Biol.Chem.の表紙を 本講座でモデリングした構造が飾りました。 [900x1100の画像] [2700x3300の画像]

  • Ohta T, Kawabata T, Nishikawa K, Tani A, Kimbara K, Kawai F. 2006. "Analysis of amino acid residues involved in catalysis of polyethylene glycol dehydrogenase from Sphingopyxis terrae, using three-dimensional molecular modeling-based kinetic characterization of mutants". Appl Environ Microbiol. Jun;72(6):4388-96. [PubMed]

その他

	2010年12月1日に、 藤 博幸 (編集)「タンパク質の立体構造入門 --基礎から構造バイオインフォマティクスへ 」が講談社から発売されました。この中で、川端が第3章「タンパク質の立体構造の特徴抽出と構造比較」を執筆しました。 [amazonのページ]
	初心者を対象とした バイオインフォマティクス春の学校 が熊本(2008.3/15,16)と東京(2008.3/19,20)で開催されました。本学の教員も講師として 参画しました。
	2007年4月30日に、倉光成紀・杉山政則 (編集) 構造生物学 -ポストゲノム時代のタンパク質研究 - が共立出版から発売されました。うち、第1章の1.2「アミノ酸配列からタンパク質の骨格構造を予測するデータベースの構築」を川端が 執筆しました [amazonのページ]
	初心者を対象とした バイオインフォマティクス春の学校が２００７年３月に仙台(3/16,17)と 京都(3/19,20)で開催されました。本学の教員も講師として参画しました。
	2006年12月18日に、講談社から、 藤 博幸 (編集) はじめてのバイオインフォマティクス が発売されました。この中で、川端が第2.2章「タンパク質の立体構造解析」を執筆しました。 [amazonのページ]