準備

まず、以下の三つのプログラムをダウンロードし、デスクトップにコピーする

• マルチプルアライメントのプログラム:ClustalX ver 1.83 (Windows版)

• 有根系統樹の描画プログラム:njplot(Windows版)

マルチプルアライメントと分子系統樹作成の手続き

1. 相同な配列群のファイル(例えばHBA_HUMAN_homo.seq)を、デスクトップか適当なフォルダにダウンロードする。

   マルチプルアライメントの手続き

2. clustalxのアイコンをクリックして起動する
   
3. clustalxの[File]メニューから[Load Sequence]を選び、配列のファイル（例えば、HBA_HUMAN_homo.seq）を読み込む
4. clustalxの[Alignment]メニューから[Do Complete Alignment]を選び、マルチプルアライメントを実行する
5. clustalxの[Tree]メニューから[Draw N-J Tree]あるいは[Bootstrap N-J Tree]を選び、系統樹を作成する

   分子系統樹作成の手続き

6. njplotのアイコンをクリックして起動する
7. njplotの[File]メニューから[Open]を選び、ClustalXで出力された系統樹のファイル(*.phか*.phb)を読み込む
8. njplotの[New Outgroup]ボタンを押し、適当な外群を選択する

グロビン族のマルチプルアライメントから機能部位を推定する

まず、相同な配列群のファイルHBA_HUMAN_homo.seqを、デスクトップか適当なフォルダにダウンロードする。そして、clustalxを用いて、マルチプルアライメントを実行し、 保存サイトをヒトのヘモグロビンアルファ鎖の配列に示せ。
(参考図：ヒトのヘモグロビンアルファ鎖の立体構造の図)
また、系統樹を作成し、これらの配列の進化的関係についての問いに答えよ。

Cytochrome bのアミノ酸配列による分子系統樹

	外群	ファイル名
哺乳類(mammal)	ニワトリ(CHICK)	cyb_mammal.seq
脊椎動物(vertebrate)	ハエ(DROME)	cyb_verte.seq
真核生物(eukaryote)	マラリア原虫(PLAFA)	cyb_eukary.seq

生物種の５文字の表記については、UniProt/SwissProtの代表的生物種の５文字表記を参考にすること。