奈良先端科学技術大学院大学 情報科学研究科 情報生命科学専攻 蛋白質機能予測学講座 講義関連

平成２１年度「ゲノムリテラシー講座」

マルチプルアライメントと分子系統学基礎

演習の手順については マルチプルアライメントと分子系統樹基礎 に従うこと

準備

  1. 演習用のディレクトリを作成し、必要なデータをコピーする。 ターミナルで次のコマンドを打つ。 
    cd
cp -r /mandara/lecture/takawaba/MULTI .
cd MULTI
./SETUP
演習に必要なマルチFASTA形式の配列群データ

ClustalXによるマルチプルアライメントと系統樹の作成

  1. Unixのターミナルで、以下のコマンドを入力し、ClustalXを起動する。 
    clustalx &
  2. [File]->[Load Sequences]で、マルチFASTA形式の配列群のデータを選ぶ

  3. [Alignment]->[Do Complete Alignment]を選び、マルチプルアライメントを実行する。(デフォルトでは*.alnというファイルが出力される)

  4. [Trees]->[Boot Strap N-J Trees]を選び、近隣結合法による系統樹（ブートストラップ値つき）の作成を行う。(デフォルトでは*.phbというファイルが作成される)

njplotによる系統樹の表示

  1. Unixのターミナルで、以下のコマンドを入力し、njplotを起動する。 
    njplot &
  2. [File]->[Open]で、系統樹のファイル(*.phか*.phb)を選ぶ

問１

ヒトのヘモグロビンのホモログの配列データ(HBA_HUMAN_homo.seqs)を使用。

問２

以下のミトコンドリアのCytochrome bのアミノ酸配列データを使用。外群の設定に注意
ファイル名 生物の種類 外群とする配列の生物
cyb_mammal.seq 哺乳類 ニワトリ(CHICK)
cyb_reptile.seq は虫類 サケ(SALSA)
cyb_verte.seq 脊椎動物（ほ乳類、鳥類、は虫類、両生類、魚類） ショウジョウバエ(DROME)
cyb_eukary.seq 真核多細胞生物（ほ乳類、鳥類、は虫類、両生類、魚類、節足動物、植物） 酵母(YEAST)
また、生物種の５文字の表記については、[UniProt/SwissProtの代表的生物種の５文字表記]を参考にすること。

問３

2009年6月に福岡から採取されたインフルエンザ患者のヘマルグルチンの 相同配列群(HA_fukuoka_homo.seqs)とノイラニミダーゼの相同配列群(NA_fukuoka_homo.seqs)を使用。