RasMolの操作法

２０１０年５月２４日
奈良先端科学技術大学院大学　情報科学研究科
川端　猛

※すでに、RasMolがインストールされていることを前提としています。 RasMolのソフトウエアの入手、インストール方法については、 http://www.openrasmol.orgをご覧下さい。

※コマンド入力の詳細は、 コマンド入力によるRasMolの操作法をご覧下さい。

I. RasMolを起動する方法

  1. Windowsの場合

    1. デスクトップ上のかのアイコンをクリックすると起動します。以下の画面が表示されるはずです。

    2. あるいは、PDBファイルのアイコン（例えば）を、マウスでドラッグして、デスクトップ上のRasMolのアイコンに重ねることでも起動します。以下の画面が表示されるはずです。

  2. Linuxの場合

    ターミナルを立ち上げ、以下のコマンドを打ち込みます。
    rasmol
    あるいは以下のように打ち込みます。
    rasmol [PDBファイル名]

II. メニューによるRasMolの操作

1. 分子ファイルの読み込み

  1. 起動時に読み込む方法
    WindowsならPDBファイルのアイコンをマウスでドラッグして、 RasMolのアイコンに重ねると、起動してから自動的にそのPDBファイルを読み込みます。
    Linuxなら、rasmol [PDBファイル名]とコマンドを打ち込むとその、 ファイルが読み込まれます。

  2. メニューから読み込む方法
    メニューの[File]から、[Open...]を選ぶと、ファイル選択ウィンドウが表示されます。

2. マウスによる分子の回転・並進操作

カーソルを分子上に置いて、マウスのボタンを押しながら、 マウスを動かすことで、分子を回転・並進させることができます。
マウスの操作 分子の動き
左ボタン 回転（X軸、Y軸まわりの回転）
中ボタンか右ボタン 並進移動（X軸、Y軸方向への並進）
Shiftキーを押しながら、左ボタン ズーム（上方向で拡大、下方向で縮小）

3. メニューによる表示法と色の指定

RasMolの画面上部のメニューを操作することで、いろいろな描画法、色付けを 試すことができます。
[Display]メニューからは、様々な表示法を選択することができます。 "spacefill"が空間充填モデル、"cartoon"は厚みのあるリボンモデルです。
[Colours]メニューからは、様々な色付けを選択することができます。 "CPK"は炭素：灰色、酸素：赤、窒素：青、硫黄：黄色の色付けです。 "Group"は最初のアミノ酸が青、最後のアミノ酸が赤になるように配列順に 虹色に色付けします。"Structure"は、αヘリックスがマジェンタ、βシートが 黄色になるように色付けします。

(1)[Display]->[Cartoon],[Colours]->[Structure]とした場合 (2)[Display]->[Cartoon],[Colours]->[Group]とした場合
(3)[Display]->[Wireframe],[Colours]->[CPK]とした場合 (4)[Display]->[Spacefill],[Colours]->[CPK]とした場合。
[Options]の[Hetero Atoms]の選択をオフにして、水分子を非表示にしている。

III. コマンドラインによる操作法

RasMolは、キーボードでコマンドを入力することで、より細やかな表示の指定が 可能になります。

コマンドの入力方法については、 コマンド入力によるRasMolの操作法 をみてください。