配列データベース実習

1. NCBIのゲノムデータへアクセスする方法

2. NCBI genomeのWebページの使い方

3. NCBI Sequence Viewerの使い方

4. NCBI Geneデータへアクセスする方法

配列相同性検索実習

由来のわからない生物から未知のタンパク質の配列が決まったとする。これらのタンパク質の 機能と生物の種類を推定するためにUniProt/SwissProtに対してBLASTによる配列相同性検索を 実行せよ。

演習用配列データは、演習用配列データ から入手せよ。

BLASTによる配列相同性検索は以下の公共のWEBサーバのどれかを利用する。

• DDBJのBLASTサービスのサイト(http://blast.ddbj.nig.ac.jp/top-j.html)

• NCBIのBLASTサービスのサイト(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/)

• ゲノムネットのBLASTサービスのサイト(http://blast.genome.jp/)

これらのサーバごとに使用法は少しずつ異なるが、基本的な部分は同様である。以下のことに 気をつけること。

1. アミノ酸配列とアミノ酸配列の比較を行うので、"blastp"あるいは"protein blast"を 選ぶ

2. 検索対象データベースとして、"UniProt/Swiss-Prot" あるいは "swissprot"を選ぶ

   	プログラムの選択	データベースの選択
   DDBJ	protein blast	Uniprot/Swiss-prot
   NCBI	blastp	swissprot
   genome net	BLASTP	Swiss-Prot

3. 相同性の判定基準はE-valueが0.001以下とする

参考資料

1. UniProt/SwissProtの代表的生物種の５文字表記
2. UniProt/SwissProtの全生物種の５文字表記