1. 配列相同性検索実習

   由来のわからない生物から未知のタンパク質の配列が決まったとする。これらのタンパク質の 機能と生物の種類を推定するためにUniProt/SwissProtに対してBLASTによる配列相同性検索を 実行せよ。

   演習用配列データは、演習用配列データ から入手せよ。

   BLASTによる配列相同性検索は以下の公共のWEBサーバのどれかを利用する。

   • DDBJのBLASTサービスのサイト(http://blast.ddbj.nig.ac.jp/top-j.html)

   • NCBIのBLASTサービスのサイト(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/)

   • ゲノムネットのBLASTサービスのサイト(http://blast.genome.jp/)

   これらのサーバごとに使用法は少しずつ異なるが、基本的な部分は同様である。以下のことに 気をつけること。

   1. アミノ酸配列とアミノ酸配列の比較を行うので、"blastp"あるいは"protein blast"を 選ぶ

   2. 検索対象データベースとして、"UniProt/Swiss-Prot" あるいは "swissprot"を選ぶ

   3. 相同性の判定基準はE-valueが0.001以下とする

   参考資料

   1. UniProt/SwissProtの代表的生物種の５文字表記
   2. UniProt/SwissProtの全生物種の５文字表記
   3. Unix環境におけるBLAST演習の手順

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2. 分子系統樹実習

   本演習ではミトコンドリアのCytochrome bのアミノ酸配列の分子系統樹を描くことにより、生物種の 系統関係を推定する。

   まず、以下の三つのプログラムをダウンロードし、デスクトップにコピーする

   • マルチプルアライメントのプログラム:ClustalX(Windows版)

   • 有根系統樹の描画プログラム:njplot(Windows版)

   • 無根系統樹の描画プログラム:unrooted(Windows版)

   次に適当なフォルダをつくり、以下の三つのファイルをダウンロードする。

   • 魚類の配列+外群としてハエの配列:cyb_fish.seq

   • 哺乳類の配列+外群としてニワトリの配列:cyb_mammal.seq

   • 脊椎動物の配列+外群としてハエの配列:cyb_verte.seq

   あとは、それぞれの配列について以下の手順で、系統樹を作成してください。
   1. clustalxのアイコンをクリックして起動する
   2. [File]メニューから[Load Sequence]を選び、配列のファイル（たとえばcyb_fish.seq）を読み込む
   3. [Alignment]メニューから[Do Complete Alignment]を選び、マルチプルアライメントを実行する
   4. [Tree]メニューから[Draw N-J Tree]あるいは[Bootstrap N-J Tree]を選び、系統樹を作成する
   5. njplotのアイコンをクリックして起動する
   6. [File]メニューから[Open]を選び、ClustalXで出力された系統樹のファイル(*.phか*.phb)を 読み込む
   7. [New Outgroup]ボタンを押し、適当な外群を選択する

   詳細な手順については マルチプルアライメントと分子系統樹基礎 を参考にすること。

   また、生物種の５文字の表記については、UniProt/SwissProtの代表的生物種の５文字表記を参考にすること。

5/8(火)の演習の回答用紙のPDFファイル