生体高分子の可視化

1. PDBデータの入手

   RCSB-PDB (www.rcsb.org)

   あるいは

   PDBj (www.pdbj.org)

   にアクセスし、"1flv"というPDBファイルをダウンロードしてみよ。

2. RasMolという生体高分子の可視化プログラムをタウンロードし、「デスクトップ」にコピーする。
   RasMol2.7.1(Windows版)

3. つぎに以下のPDBファイルを「マイ ドキュメント」にコピーする。 （必ず「マイ ドキュメント」にコピーすること。 「デスクトップ」のファイルはRasMolからは認識できなくなるので注意。）
   • 1tph.pdb
     
   • 1fxd.pdb
     
   • 1mbd.pdb
     
   • 1kel.pdb
     
   • 1flv.pdb
     
   • 1a0a.pdb
     
   • 1obo.pdb
     
   • 1fdn.pdb
     

   RasMolの使い方については 立体構造可視化プログラムRasMolの使い方 のPDFファイルを参考にすること。

4. 練習１（疎水性相互作用の観察）
   適当な立体構造(1flv.pdb)をRasMolで読み込み、以下のコマンドを打ち込め。

   select protein　　　(蛋白質全体を灰色にし、小さめの半径の空間充填表示にする) 
   color gray
   spacefill 200
   select LEU||ILE||VAL||PHE||MET||ALA   　（疎水性アミノ酸を緑にする）
   color green
   select  ASP||GLU   　　                     （マイナス電荷のアミノ酸を赤くする）
   color red
   select ARG||LYS   　　　　　　　　　　　　（プラス電荷のアミノ酸を青くする）
   color blue
   

5. 練習２（αへリックス・βシートの観察）
   　　　　 適当な立体構造(1flv.pdb)をRasMolで読み込み、以下のコマンドを打ち込め。

   select protein 　　(蛋白質全体をカートゥーン表示にし、２次構造別の色にする)
   wireframe false
   cartoon true
   color structure　　　
   color group　　　    ・・・配列の流れと２次構造の関係を観察してください（α/βクラス）・・・
   cartoon false        (カートゥーン表示をやめる) 
   color cpk
   select helix    　　 （ヘリックスだけを選択し、太いワイアフレームで表示する）
   wireframe 100
   hbond 10               （主鎖の原子間の水素結合を直線で表示）
    　　　　　　　　・・・ヘリックスの主鎖の水素結合を観察してください・・・
   wireframe false    (へリックスの表示をやめる)
   hbond false　
   select sheet　　　　　(シートだけを選択し、太いワイアフレームで表示する)
   wireframe 100
   hbond 10　　　　　　　（主鎖の原子間の水素結合を直線で表示）
   　　　　　　　　　・・・シートの主鎖の水素結合を観察してください・・・
   

MATRASサーバを用いた簡易ホモロジーモデリング

MATRASサーバ(http://biunit.naist.jp/matras) にアクセスして、 PLAS_ORYSAのアミノ酸配列 の立体構造を予測せよ。

MATRASサーバの使い方については MATRASサーバを用いた立体構造予測：簡易ホモロジーモデリング のPDFファイルを参考にすること。

予測した立体構造と、 PLAS_ORYSAのマルチプルアライメントを比較し、保存アミノ酸が 立体構造上、どういう位置にあるか、確認せよ。