ゲノムは4種類の核酸より構成され、ゲノム中の遺伝情報はDNAからRNAに転写され、その後たんぱく質に変換される。このとき、3つの塩基の組み合わせ（コドン）がtRNAによって認識され、たんぱく質を構成するアミノ酸の1つに対応する。生物がタンパク質で使用するアミノ酸は20種類である一方で、64通りのコドンが存在することになり、1つのアミノ酸には複数のコドンが対応する事になる。既知の生物のゲノム使われているコドンの頻度は一定では無い事が知られており、この偏りは「Codon Usage Bias」と呼ばれ、転写・翻訳・複製に深く関わる要素として知られている。
本研究では同一のCoding Sequence内のコドンの再利用性をバクテリアにおいて確認し、その傾向を様々なゲノム構造と比較する。
図：大腸菌におけるアミノ酸：セリンのtRNAの事故相関。同一のtRNAが連続して使われている事がわかる。