近年、様々な微生物ゲノムの全塩基配列が決定し、膨大な数のゲノムが国際ゲノムデータベースINSD(DDBJ/EMBL/GenBank)に登録されている。しかし、INSDは多くのタンパク質のアノテーションデータを含んでいるが、tRNAのアノテーションデータに至っては、あまり充実していない状況である。そこで新たなtRNA遺伝子データベースtRNADB-CE(http://trna.nagahama-i-bio.ac.jp)が構築された。tRNADB-CEのtRNA遺伝子データ は、ISDNのバクテリア遺伝子の塩基配列データから三つのtRNA検出コンピュータプログラムを用いてtRNA遺伝子と認定されたデータである。tRNADB-CEのデータベースの約97%は、三つ全てのコンピュータプログラムによってtRNA遺伝子と認定されたデータであるが、残りの約3%は、コンピュータプログラムによってtRNAの遺伝子であるという判断に差異が生じたので、専門家がマニュアルで判断している。これによりtRNADE-CEは従来のデータベースに比べ、約４倍量の大量のtRNA遺伝子データベースが構築された。tRNAは、４対のセグメント間で相補構造を有している。これらのセグメント対間に保存性があると期待されるが、我々は、tRNADB-CEの大量のtRNAの塩基配列を用い、全てのセグメント対間の塩基配列の共起性を統計的に評価し、４対のセグメント間の保存性だけでなく、他の領域との共起保存性を明らかにする方法論を構築する。さらに、全てのセグメント対間の塩基配列の共起性に基づいて、結合するアミノ酸ごとのtRNAの配列特徴を検討する。