代謝経路を用いた遺伝子発現情報の視覚化システム

田丸 良子 (0251148)


近年,DNAマイクロアレイ技術は飛躍的に発展し,それにより遺伝子発現情報を 網羅的にモニターすることが出来るようになっている.よく似た発現パターンを 持つ遺伝子のセットはよく似た機能を持つと言われていることから,DNAマイク ロアレイの情報から未知遺伝子の機能を推測することが可能である.しかしなが ら,現状では生物学的に意味のあるデータを抽出することは容易ではない.遺伝 子発現情報を解析するための一つのアプローチとして遺伝子発現パターンの代謝 経路へのマッピングがあげられる.

遺伝子は互いに相互作用し,複雑なネットワークを構築していることが知られ ている.このようなネットワークは,ノードが遺伝子を,エッジが遺伝子の相 互作用を現すようなグラフとして表現されている.遺伝子の発現情報を用いて 遺伝子ネットワークを予測することは,バイオインフォマティクスの分野の重 要な課題の一つにもあげられる.

本研究で,我々は遺伝子発現情報を代謝経路図にマッピングするシステムを提 案する.代謝経路の視覚化には,XML 準拠の SVG を用いた.SVG は スクリプ トを埋め込むことにより,ダイナミックな表示が可能となる.本システムを用 いることにより,代謝経路における遺伝子発現の動きを包括的に観察すること が可能になる.