この目的で各生物種のゲノムで網羅的にGPCR遺伝子を同定し、比較ゲノム解析を行った。まず、ゲノムから 遺伝子領域を同定し、既知配列との相同性検索、膜貫通ヘリックス予測、モチーフ帰属によりGPCR候補を抽出する。 既知のデータで評価した各プログラムの閾値を利用して、感度を犠牲にしても選択性を100％にしたLevel Aセットから 逆に感度を100%にしたLevel Dセットまでの間、４段階のデータセットを作成した。またblastやPfamによる結果の カバー率などを考慮して、膜貫通部位以外に部分的に高い相同性を示してしまうものやGPCR以外のモチーフと広範囲で 高い相同性を示してしまうようなものを取り除いた。
上記の手法で142種の生物種に関して解析を行った。このうち真核生物はDrosophila melanogaster（ショウジョウバエ）、 Arabidopsis thaliana（シロイヌナズナ）、Caenorhabditis elegans（線虫）、 Saccharomyces cerevisiae（出芽酵母）、Schizosaccharomyces pombe（分裂酵母）の５種である。 その結果、古細菌から１つみつかったがそれ以外ではバクテリア類では見つからなかった。 しかし、真核生物においては予測されたGPCR数は激増し、特にClass Aに関しては高等な生物ほど増加する傾向がみられた。 ただし、酵母類は数個にとどまっている。
以上のデータのうちClass Aファミリーを持つ生物種(線虫、ショウジョウバエ)とヒトの予測データ、マウス、ラットの 既知データを含めてEvolutional Trace法(ET法)による解析をおこなった。 ET法とは、系統樹による進化的情報を利用してアミノ酸配列から機能や構造に関する重要な部位を抽出する手法である。 GPCRの特定の膜貫通領域に焦点をあててこの手法を利用することにより、GPCRの機能および構造に関する重要な部位の 抽出を試みた。 これらの結果をもとに、GPCRにおいてファミリー内に特有なパターン、種にユニークなパターン等の相関性を議論する。