蛋白質の立体構造比較

蛋白質の立体構造は、配列に比べて、進化的に保存しやすいため、 構造の類似性から、意外な類縁関係を知ることができます。 本研究室では、立体構造を比較するためのプログラムMATRASを開発し、 そのWEBサーバMATRAS も立ち上げています。

一つめのタンパク質:大腸菌:機能未知タンパク質 YddE (1p9vA)
二つめのタンパク質:インフルエンザ菌:Diaminopimelate epimerase (1bwzA)
配列一致率 14.8 %


蛋白質の表示 色つけ
アライメント

1p9vA           PQVYHVDAFTSQPFRGNSAGVVFpA-DNLSEA--QmQLIAR---ELGHSETAFLLHSDD-
1bwzA           MQFSKMHGL------GNDFVVVDGVTQNVFFTPETIRRLANRHCGIGFDQLLIVEAPYDP
                 *             **   **     *           *      *           * 

1p9vA           -SDVRIRYFTPT-VEVPICGHATVAAHYVRAKVLGLGNCTIWQTSLAGKHRVTIEKHNDD
1bwzA           ELDFHYRIFNADGSEVSQCGNGARCFARFVTLKGLTNKKDISVSTQKGNMVLTVKDM--N
                  *   * *     **  **                    *      *    *       

1p9vA           YRISLEQGTPGF------E-P-----PLEGETRAAIINALHLTEDDILPGLPIQVATTGH
1bwzA           -QIRVNMGEPIWEPAKIpFTANKFEKNYI---LRT-DI----QT--V----LCGAVSMGN
                  *    * *                                                * 

1p9vA           SKVmIPLKPEVDIDALSPDLNALTAISK-KIG--CNGFFPFQIRPGKNETDGRmFSPAIG
1bwzA           PHCVVQVD---DIQTANV-EQLGPLLESHERFPERVNAGFMQIIN-KEHIKLRVYE-RG-
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1p9vA           IVEDPVTGNANGPmGAWLVHHNVLPHDGNVLRVKGHQGRALGRDGmIEVTVTIRDNQPEK
1bwzA           AGETQACGSGACAAVAVGIMQGLL-N----NNVQVDLP----G-GSLMIEWNGV--G-HP
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1p9vA           VTISGTAVILFHAEWAI
1bwzA           LYMTGEATHIYDGFITL
                    * *