| 足立 旭 | D, 中間発表 | 計算システムズ生物学 | 金谷 重彦, 西條 雄介（BS）, 小野 直亮, MD.Altaf-Ul-Amin, 黄 銘（客員准教授） |
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title: Dynamics of the root-associated microbiome in field-grown rice and estimation of variation in interactions between microbes
abstract: Plants are associated with diverse microbial communities called the microbiome, which dynamically change their microbiome structures when adapting to fluctuating environments. In this study, we examined the dynamics of the rice microbiome depending on soil nutrient conditions. Additionally, we developed an interaction estimation method that directly modeled the changes in interactions between microbes and tested its accuracy and interpretability. language of the presentation: Japanese 発表題目: イネ共生微生物叢の動態解明及び生物間相互作用の変動推定手法の構築 発表概要: 植物は共生微生物叢を形成し、それらを動的に変化させることで環境変化に適応している。本研究では、貧栄養環境におけるイネの根内に形成される共生微生物叢に焦点を当て、土壌栄養条件に依存したイネ共生微生物叢の変動を解明した。また、近年、微生物叢内における微生物間相互作用が群集の成立や維持に大きな影響を与えることが明らかになり、多角的に微生物叢の動態を解明する重要性が高まっている。そこで、生物間相互作用の変化を直接モデル化した相互作用推定手法を構築し、精度及び解釈性を検証した。 | |||
| 三木 昌行 | D, 中間発表 | 計算システムズ生物学 | 金谷 重彦, 安本 慶一, 小野 直亮, MD.Altaf-Ul-Amin, 黄 銘（客員准教授） |
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title: Optimization of coordinate shift for PET image analysis for accurate assessment of aortic input function.
abstract: We aim to quantitatively extract the Aorta Input Function (AIF) from PET images that include the time course of tracer passage through the aortic vessels. The method uses Expectation-Maximization (EM) to compare the time series of observed signal intensity with the time variation of signal intensity calculated from a model that accounts for the Partial Volume Effect. This method allows us to find maximum likelihood estimates of the parameters by adjusting the model. In the future, we aim to implement observations based on the movement, position, and angle of physiological observation points. language of the presentation: *** Japanese *** 発表題目: 大動脈入力機能の正確な評価に向けたPET画像分析のための座標移動の最適化 発表概要: 本研究は、Aorta Input Function (AIF)大動脈の機能の正確な評価を目指す研究です。 大動脈血管にトレーサーを通した時間経過を含むPET画像から定量的にAorta Input Function (AIF)を取り出すことを目指しています。 手法としては、期待値最大化法（Expectation-Maximization, EM）を用い、Partial Volume Effectを考慮したモデルから計算したシグナル強度の時間変化と観測されたシグナル強度の時系列を比較します。 この手法は、モデルを調整することで、パラメータの最尤推定値を見つけることができます。 今後は、生理学的な観測点の移動や位置、角度を踏まえた観測の実施を目指します。 | |||
| 前田 雄大 | D, 中間発表 | 計算システムズ生物学 | 金谷 重彦, 安本 慶一, 小野 直亮, MD.Altaf-Ul-Amin, 黄 銘（客員准教授） |