| 新任助教講演会(Lectures from New Assistant Professors) |
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| 日時： | 平成25年4月17日(水)3限 (13:30 -- 15:00), 2013/04/17, Wednesday |
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| 場所(Location)： | L1 |
| 司会(Chair)： | CAMARGO Erika |
| 講演者(Presenter)： | 小野先生(Dr. Naoaki ONO), 計算システムズ生物学研究室(Computational Systems Biology Lab.) |
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| 題目(Title)： | 大腸菌の人工進化系における全ゲノム配列解析と発現解析 (Whole genome and expression analysis in Experimental evolution of Escherichia coli) |
| 概要(Abstract)： |
生物の進化の過程で遺伝子にはいったいどのような変化が起きているのだろうか？ かつては生物の進化の詳細を調べることは困難であったが、近年の次世代シーケンサーやDNAマイクロアレイの発達により、細胞の全ゲノムの配列解析や、全遺伝子の発現解析といった網羅的な分析が可能となってきた。本講演では、それらの解析技術を使って、人工的に進化させた大腸菌の細胞で遺伝子配列がどのように変化し、またそれらの変異が遺伝子の発現にどのように影響を与えるかを分析する試みについて紹介する。 What does change in the genome, when an organism evolves? It was difficult to know detail process of evolution, but recent development of experimental devices such as next generation sequencers and DNA microarrays allows us to analyze whole genome sequence or expression of every genes comprehensively. In this seminar, I will talk about our approach to understand genetic and expression changes in an artificial evolution experiment of E. coli. |
| 講演者(Presenter)： | 川原先生(Dr. Jun KAWAHARA), 大規模システム管理研究室(Large-Scale Systems Management Lab.) |
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| 題目(Title)： | 大規模データ処理のための離散構造処理系 (Discrete Structure Manipulation Systems for Large-Scale Data Processing) |
| 概要(Abstract)： |
本講演では，大規模データ処理のための離散構造処理系，特に，集合族をコンパクトに効率良く表現するためのデータ構造であるゼロサプレス型二分決定グラフ(ZDD) について解説を行う．ZDDを用いると，与えられたグラフの様々な種類 の部分グラフを効率良く列挙し，索引化することが可能となる．例えば，15 × 15 グリッドグラフ上の左上隅から右下隅に至るパス227449714676812739631826459327989863387613323440（= 2.27 × 10^47）本を 数分で列挙， 保存し，それらの中から指定した条件を満たすパスを高速に検索することができる．本手法の汎用化について，講演者の最近の研究も紹介する． In this presentation, I will talk about discrete structure manipulation systems for large-scale data processing, especially the zero-suppressed binary decision diagram (ZDD), which is a compact and efficient data structure representing a family of sets. For a given graph, it is possible to enumerate and index many kinds of subgraphs of the graph by using a ZDD. For example, 227449714676812739631826459327989863387613323440 (= 2.27 x 10^47) nonintersecting paths joining opposite corners of a 15x15 grid graph can be enumerated and stored in a few minutes, and paths satisfying given conditions can quickly be searched from the set of these paths. I will also introduce my recent work for generalizing this method. |