| 原口 修平 M2 | 岡田 実 | 関 浩之 | 原 孝雄 | 齋藤 将人 | 宮本 龍介 |
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発表題目：非再生OFDM中継システムにおける適応電力割当による伝送レート向上手法の検討
発表概要：通信方式としてOFDM（Orthogonal Frequency Division Multiplexing）を用いた中継システムを用いることで送信局の電力を増やすことなく高速な無線環境を拡大可能である． 本発表では，中継局において遅延によるスループットの低下を招くFFT（Fast Fourier transform）/IFFT（Inverse FFT）を用いない非再生OFDM中継システムにおける適応電力割当手法として， 複数の隣接サブキャリアをまとめたチャンク単位での電力割当手法について検討を行った． 割当電力に関する最適化問題を解くことで提案方式の伝送レートを導出した． 数値例により，サブキャリア間のチャネル相関が十分強い環境では既存方式と同程度の伝送レート向上が可能であることを示すとともに， 今後の方針についても述べる． | |||||
| 西田 皓司 M2 | 飯田 元 | 関 浩之 | 松本 健一 | ||
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発表題目：履歴情報に基づいたコードクローンの分析
発表概要：ソフトウェアの保守性を低下させる要因の一つとして，ソースコード中に含まれる重複したコード（以下，コードクローン）の存在が指摘されている．そして，従来のコードクローンに関する研究はコードクローンを自動検出し、積極的に取り除くことに焦点が当てられてきた．一方で，熟練したプログラマーが意図的にコードクローンを作成する場合等，必ずしもコードクローンが悪いと言い切ることはできないため，コードクローンによって良し悪しを見極める必要がある． そこで，本研究では，危険なコードクローン（悪いコードクローン）を判別することを目的とし，オープンソースソフトウェアの開発データを用いてコードクローンの分析を行っている．本発表では，現状での分析結果と今後の方針・課題について報告する． | |||||
| 福島 義彦 M2 | 飯田 元 | 関 浩之 | 松本 健一 | ||
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発表題目：コードクローンが存在するファイルに基づくコードクローン可視化手法
発表概要：ソフトウェアの保守性を低下させる主要な要因の一つとして，ソースコード中に含まれる重複したコード（以下，コードクローン）の存在が指摘されている．そして，これまでに大規模なソフトウェアからコードクローンを自動的に検出する手法が提案されている．しかし，対処する必要のないコードクローンも多いため，保守性向上のため対処すべきコードクローンを発見することは容易ではない．そこで，本研究では，優先的に対処すべきコードクローンの発見を支援するための可視化手法を提案する．本手法を利用することで，システム内に横断的に存在するコードクローンを発見することが可能になる．本研究では，提案手法を2つのオープンソースソフトウェアに適用し，実際にコードクローン情報の可視化を行った． | |||||
| 雷 瑛 M2 | 小笠原 直毅 | 箱嶋 敏雄 | 金谷 重彦 |
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発表題目：グラム陽性菌に保存されている新規核様体蛋白質Vegの機能解析
発表概要：原核生物においても染色体DNAはコンパクトな構造をとっており、ヒストンとよく似た性質を持つ「核様体蛋白質」がその構造決定に重要であることが解ってきた。核様体蛋白質は、非特異的にDNAに結合する、分子量の低いDNA結合蛋白質であり、DNAを折り曲げる性質を持つ。大腸菌では数多くの核様体蛋白質が同定されており、この様な性質を通じて、核様体構造の維持（HU、H-NS）や染色体の複製、グローバルな転写制御（H-NS、StpA）、細胞分裂などに重要な役割を果たしていることが知られている。また、大腸菌を中心としてゲノム的視野からの新たな研究もはじめられ、新たな展開を見せている。しかし、酵素生産や食品などに利用され、産業的にも重要である枯草菌では、HUが増殖に必須であること、また、栄養増殖期後に誘導される遺伝子群（胞子形成、バイオフィルム形成、抗生物質生産、分泌酵素生産）の転写を栄養増殖期に抑制しているAbrBと、そのホモログであるAbhについて、生化学的な性質が核様体蛋白質に似ていることが知られているだけであり、ほとんど研究が進んでいない。そこで、本研究では、文献情報から新規の核様体蛋白質ではないかと考えているVegに関しては、枯草菌ゲノム上の結合部位の決定や欠損株の多面的な観察などによる機能解析を行っている。 | |||
| 石橋 正守 M2 | 西谷 紘一 | 箱嶋 敏雄 | 川端 猛 |
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発表題目：
リン酸化部位予測ウェブサーバの開発を目指したドメインとの関連性調査 発表概要： リン酸化はシグナル伝達等に関わる重要な蛋白質の翻訳後修飾である。これを実験前に配列情報から予測するWebサーバは複数存在するが（NetPhos等）、その中でセリン、スレオニンのリン酸化については比較的高い予測精度を期待できるが、チロシンに関しては低いとされている。 この問題を解決するために、蛋白質のドメイン構造に着目して傾向を把握し、より実用性の高い構築に役立てていく。また現時点での問題点と今後の予定を述べる。 | |||
| 加藤 文彦 M2 | 西谷 紘一 | 箱嶋 敏雄 | 川端 猛 |
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発表題目：タンパク質におけるアミノ酸の相同配列の情報を利用した、ドッキング計算の改良
発表概要：これまでに、タンパク質と薬物に代表される低分子化合物とのドッキングを扱ったプログラムは数多く開発されているが、タンパク質のアミノ酸の相同配列の情報を利用したものは無い。 そこで、本研究ではフリーで利用可能な「UCSF DOCK」というドッキングプログラムを基盤に、アミノ酸の相同配列の情報を利用することで、ドッキング 性能の向上を目指す。 今回の発表では、その進捗状況と今後の展望について述べる。 | |||
| 宮田 雄輔 M2 | 西谷 紘一 | 箱嶋 敏雄 | 川端 猛 |
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発表題目：相同タンパク質の複合体構造データを用いたリガンド構造の分類
発表概要：近年、タンパク質とリガンドの複合体構造データが数多く報告されている。 その中には、特定のタンパク質にのみ結合するリガンドも存在する。これらのデータ解析は結合選択性の原因解明にでも役立つと思われる。 そこで、本研究では、Protein Data Bank(PDB)に登録されているタンパク質キナーゼABL, CDK, p38, PKAのタンパク質―リガンド構造データをもとにして、リガンドの2D(化学構造),3D(立体構造)比較を行った。 それぞれのタンパク質に結合するリガンド群がクラスターを形成するかどうか2つの手法を用いて確認したところ、3D構造の比較においては、サブファミリーごとにクラスターを形成する傾向が見られた。 さらに各サブファミリーにおける特徴的なアミノ酸部位と3D構造の抽出を試みた。 その結果、タンパク質はリガンドに結合するにあたって、それぞれ特徴的な3Dリガンド構造を認識していると示唆された。 | |||