バイオインフォマティクスI  Practice of BioinformaticsI


◇ 担当教員:	黒川 顕(くろかわ けん)、川端 猛(かわばた たけし)、
金谷 重彦(かなや しげひこ)、作村 勇一(さくむら ゆういち)
◇ 単位数:1 ◇選択・必修:選択 ◇開講時期:U期 木曜2、3限 ◇講義室:A207
◇ 授業目的:
現在の分子生物学において情報科学的なアプローチは必要不可欠なものとなってきた。本講義は演習室における計算機演習を行うことで、「情報生命学I」の講義で学んだ内容をより深く理解することを目的とする。情報科学研究科及びバイオサイエンス研究科の両方の大学院生を対象に内容を編成する。
◇ 授業内容:
本講義は演習室における計算機演習の形式で行う
1. 生物学の主要WEBデータベースの使用法(黒川 担当)
2. 遺伝子発見(黒川 担当)
3. BLASTを中心とした配列相同性解析(川端 担当)
4. マルチプルアライメントと分子系統樹(川端 担当)
5. 立体構造データの可視化と立体構造予測(川端 担当)
6. 発現データ解析(金谷 担当)
7. システム生物学(作村 担当)

◇ 教科書 :
講義資料を配布する。
◇ 参考書 :
1. 金久實 「ポストゲノム情報への招待」 共立出版
2. David W. Mount (岡崎康司、坊農秀雄 監訳) バイオインフォマティクス
-ゲノム配列から機能解析へ -メディカル・サイエンス・インターナショナル
3. Chinthia Gibas, Per Jambeck 「実践 バイオインフォマティクス − ゲノム研究のためのコンピュータスキル − 」 オライリー・ジャパン
◇ 履修条件:
生命科学の基礎的知識(現代生物学あるいはバイオサイエンス概論)
情報生命科学の基礎知識(情報生命学I)
UNIXマシンの操作の基礎知識(情報科学概論I、情報科学概論U)
※本講義は、計算機演習室A207を使った演習であるため、受講人数および受講時期を事前に調整する必要がある。履修希望者は事前に履修申請手続きを行うこと。申請方法は掲示および「情報生命学I」の授業時間に連絡する
◇ 成績評価:
各演習ごとの出席(50%)および課題提出(50%)によって評価する
◇ オフィスアワー:
黒川顕(B401)、川端猛(A501)、金谷重彦(A403)、作村勇一(A503)
扉を開けているときは何時でも