バイオインフォマティクス演習　　 Exercise in Bioinformatics

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◇ 担当教員：各担当教員
◇ 単位数：２　◇　開講時期：�U期　火・金曜　３・４時限 ◇　講義室：B208
◇ 講義目的：
現在の分子生物学において情報科学的なアプローチは必要不可欠なものとなってきた。本演習では、実際に計算機を操作し、各種解析ツールを実行、簡単なプログラムを作成することで、情報生命科学の理解を深めることを目的とする。
◇　講義内容：
1. 生物学の主要WEBデータベースの使用法
核酸配列データベース、アミノ酸配列データベース、代謝・発現データベース
2. 生体高分子の配列解析
ペアワイズアライメント、BLASTを用いた配列検索、マルチプルアライメント、
分子系統樹
3.構造生物学
生体高分子の立体構造データの可視化、蛋白質の立体構造予測
4. 配列決定と遺伝子発見
アセンブル、遺伝子発見
5. XMLとオントロジー
生物学におけるXMLデータの利用、オントロジーデータベース
6. 発現データ解析とシステム生物学
多変量解析を用いた発現データ解析、細胞の動的挙動のシミュレーション
◇ 教科書　：
特になし。(場合により講義資料を配布)
◇ 参考書　：
1. 金久實 「ポストゲノム情報への招待」 共立出版
2. David W. Mount (岡崎康司、坊農秀雄 監訳) バイオインフォマティクス
-ゲノム配列から機能解析へ -メディカル・サイエンス・インターナショナル
3. Chinthia Gibas, Per Jambeck 「実践 バイオインフォマティクス -- ゲノ
ム研究のためのコンピュータスキル -- 」 オライリー・ジャパン
◇ 受講要件：
生命科学の基礎的知識(現代生物学あるいはバイオサイエンス基礎)
情報生命科学の基礎知識(情報生命学概論)
UNIXマシンの操作の基礎知識(情報科学基礎)
◇ 成績評価：
各演習ごとの出席(60%)および課題提出(40%)によって評価する。