萩本 健二 | データベース学 | 植村俊亮 (1回目発表) |
発表題目:異種生物間におけるマイクロアレイデータの比較解析
発表概要:DNAマイクロアレイは一つの種における遺伝子発現を網羅的に解析する技術として盛んに用いられている.今後は複数の種でマイクロアレイデータを比較解析するという研究も重要になると考えられる.そこで本研究では,生物種間での共通性あるいは多様性を知ることを目的とし,異種生物間における遺伝子発現量を直接比較する手法を提案する.具体的には類似した条件で培養した枯草菌と大腸菌の時系列マイクロアレイデータを用いて以下のような操作を行った.まず BLAST を用いて,両種間で相同性の高い遺伝子ペアを抽出した.次に Dynamic Time Warping を用いて,各遺伝子ペアの時系列遺伝子発現量変化の類似度を測定し,一定以上類似したペアを抽出する.これを基に両種の遺伝子発現量を補正することで,遺伝子発現量が直接比較できるようになる. | ||
松原 武範 | 情報科学センター | 砂原秀樹、山口英、藤川和利 |