平成１６年度奈良先端大蛋白質機能予測学人材養成ユニット 研究・教育成果報告書



名前：鷲尾尊規

役職：研究員（科学技術振興）（常勤形態）

日付：



1. 今年度達成した研究内容



研究目標



IVVデータの中からスプライス・バリアントとタンパク質間相互作用との関連の見られる遺伝子の抽出を行う。更にそのタンパク質の機能の変化について解析を行う。





今年度達成した内容



Alternative splicing database に登録されている遺伝子は以下のデータベースから抽出した。ASDB: database of alternatively spliced genes（http://hazelton.lbl.gov/~teplitski/alt/）。

この中から、タンパク質間相互作用に変化をおこす選択的スプライスバリアントを抽出するため、IVVデータががバリアントエクソンに重なる遺伝子を対象とした。さらに、完全長ｃDNAのクローンが商業的・学術的を問わず入手可能であり、IVV法のベイトとして利用できるものを対象とした。これらの条件から候補遺伝子を12個まで絞り込んだ。今後これらの候補遺伝子を使ってベイトを作成し、IVV法でタンパク質間相互作用の変化を検証する。





来年度の研究予定



今年度は網羅的解析と個別的解析の両面からさらなるに解析を進める。

IVV法の自動化によってさらに多くのタンパク質間相互作用を持つmRNA領域データが得られるため、これらデータとスプライス･バリアントデータとの照合をより多くのデータを用いて行う。スプライス･バリアントデータは新たに5つのデータベースを統合し、より多くのデータを対象とする。この方法でタンパク質間相互作用の変化とスプライス・バリアントとの、より網羅的な特徴が得られる可能性がある。





2. 今年度達成した教育内容





授業の補佐、授業名



「バイオインフォマティクス演習」の２コマを補佐として担当した。

また「分子生物学特論H」の２コマを補佐として担当した。





3. 発表論文／査読付き国際学会（研究員が第１著者であるもの）



（査読付国際学会）





Takanori Washio, Hitomi Itoh, Masaru Tomita

"Computational comparative analyses of alternative splicing regulation using full-length cDNA  of various eukaryotes."

Symposium on Alternate Transcript Diversity - Data, Biology, and Therapeutics	22-23 Nov, 2004	European Bioinformatics Institute, Hinxton, Cambridgeshire, UK





Takanori Washio, Hitomi Itoh, Masaru Tomita

"Computational comparative analyses of alternative splicing regulation using full-length cDNA  of various eukaryotes."

Pacific Symposium on Biocomputing 2005	January 4-8, 2005	Fairmont Orchid, Hawaii, U.S.A.





Takanori Washio, Hitomi Itoh, Masaru Tomita

"Computational comparative analyses of alternative splicing regulation using full-length cDNA  of various eukaryotes."

AACR: Oncogenomics 2005	Feb 2-6, 2005	Omni San Diego Hotel, San Diego, Calfornia, U.S.A.





4. 発表論文／査読付き国際学会（研究員が第１著者でないもの）



（査読付発表論文）



1: Fujimori S, Washio T, Tomita M.

GC-compositional strand bias around transcription start sites in plants and fungi.

BMC Genomics. 2005 Feb 28;6(1):26



2: Ohashi Y, Yamashiro A, Washio T, Ishii N, Ohshima H, Michishita T, Tomita M, Itaya M.

In silico diagnosis of inherently inhibited gene expression focusing on initial codon combinations.

Gene. 2005 Jan 4



3:Kitagawa N, Washio T, Kosugi S, Yamashita T, Higashi K, Yanagawa H, Higo K, Satoh K, Ohtomo Y, Sunako T, Murakami K, Matsubara K, Kawai J, Carninci P, Hayashizaki Y, Kikuchi S, Tomita M.

Computational analysis suggests that alternative first exons are involved in tissue-specific transcription in rice (Oryza sativa).

Bioinformatics. 2005 Jan 12



4:Kitamura-Abe S, Itoh H, Washio T, Tsutsumi A, Tomita M.

Characterization of the splice sites in GT-AG and GC-AG introns in higher eukaryotes using full-length cDNAs.

J Bioinform Comput Biol. 2004 Jun;2(2):309-31.



5:Itoh H, Washio T, Tomita M.

Computational comparative analyses of alternative splicing regulation using full-length cDNA of various eukaryotes.

RNA. 2004 Jul;10(7):1005-18.









5. 国内学会／査読なし国際学会（研究員が発表を行ったもの）



 (査読あり国内学会)



*鷲尾 尊規,1,2 石井 強太,2,3 上地 珠代,4 吉浜 麻生,4 剣持 直哉,4 冨田 勝2,3

（1奈良先端大・情報科学, 2慶大・先端生命研, 3同・環境情報, 4宮崎大・フロンティア,）

「ヒトリボソームタンパク質遺伝子の類似性と多様性に関する網羅的解析」、

日本分子生物学会、ポートピアアイランド、2004年12月8日（水）- 11日（土）







6. その他の研究業績（著書／特許等）