LastModified : Jan 26, 2006

査読付き論文

• 2005
  • 行縄 直人, 吉本 潤一郎, 大羽 成征, 石井 信. 線形ダイナミカルシステムモデルの変分ベイズ推定による 遺伝子発現時系列 のシステム同定, 情報処理学会誌論文集「数理モデル化と問題解決」, 採録決定.

  • Metsugi, S. (2005) "Influence of Multidimensionality on Convergence of Sampling in Protein Simulation" Journal of the Physical Society of Japan, 74, 1865-1870.

  • Metsugi, S., Uenoyama,A., Adan-Kubo,J., Miyata, M., Yura,K., Kono, H., Go,N (2005). "Sequence analysis of the gliding protein Gli349 in Mycoplasma mobile ". BIOPHYSICS, 1, 33-43.

  • Sakumura, Y., Tsukada, Y., Yamamoto, N., & Ishii, S. "A molecular model for axon guidance based on crosstalk between Rho GTPases". Biophysical Journal, (to appear).

• 2004
  • Hirayama, J., Yoshimoto, J., & Ishii, S. (2004). Bayesian representation learning in the cortex regulated by acetylcholine. Neural Networks, 17(10), pp.1391-1400.

  • Uehara K, Kawabata T, Go N. "Filtering remote homologues using predicted structural information". Protein Eng Des Sel., 17, 565-570,(2004).

• 2003

査読付き学会発表

• 2005
  • Yukinawa, N., Oba, S., Kato, K., & Ishii, S. "Multi-class pattern classification based on a probabilistic model of combining binary classifiers". International Conference on Artificial Neural Networks (ICANN 2005), (to appear)

• 2004
  • Hirayama, J., Yoshimoto, J., & Ishii, S. (2004). Cortical representation learning regulated by acetylcholine. Brain Inspired Cognitive Systems (Stirling, Sep., 2004), ICESS.3.

  • Igarashi, Y., Sakumura, Y., & Ishii, S. (2004). Dopamine-induced depressing synapses sustain neural activities in prefrontal cortex: a simulation study. Proceedings of 2004 International Symposium on Nonlinear Theory and its Applications, 509-512.

  • Yukinawa, N., Yoshimoto, J., Oba, S., & Ishii, S. (2004). Modeling gene expression dynamics based on a linear dynamical system model. Proceedings of 2004 International Symposium on Nonlinear Theory and its Applications, 577-580.

• 2003

査読なし学会発表

• 2005
  • Naoshi Fukuhara, Takeshi Kawabata, Nobuhiro Go. "Accuracy of Protein-Protein Interface Prediction using Homology Modeling" The 10th Pacific Symposium on Biocomputing (PSB 2005), ハワイ島 The Fairmont Orchid, 1.4〜1.8, 2005

  • Naoshi Fukuhara, Takeshi Kawabata, Nobuhiro Go. "Selection of Proper Template Complex for Modeling Protein-Protein Complex" (オーラル & ポスター) NAIST 21st Century Bio-COE Program International Symposium, 奈良県新公会堂, 1.17〜1.19, 2005

  • Yuki Tsukada, Yuichi Sakumura, Shin Ishii. "Modeling of Growth Cone Guidance with Crosstalk of Rho Family GTPases" (オーラル & ポスター) NAIST 21st Century Bio-COE Program International Symposium, 奈良県新公会堂, 1.17〜1.19, 2005

• 2004
  • Naoshi Fukuhara, Takeshi Kawabata, Nobuhiro Go "Prediction of Protein-Protein Interaction Sites using Residue Interface Propensity" UMN / NAIST Joint workshop "Systems Analysis of Biological Processes", ミネソタ大学, 7.22〜7.23, 2004

  • Yuki Tsukada, Yuichi Sakumura, Shin Ishii "Specio-Temporal Gradient Detection of Model Growth Cones" UMN / NAIST Joint workshop "Systems Analysis of Biological Processes", ミネソタ大学, 7.22〜7.23, 2004

  • Naoki Honda, Yuichi Sakumura, Shin Ishii "Spatial Effects on Ca²⁺ Signaling in Neurons : A Simulation Study" UMN / NAIST Joint workshop "Systems Analysis of Biological Processes", ミネソタ大学, 7.22〜7.23, 2004

  • Naoshi Fukuhara, Takeshi Kawabata, Nobuhiro Go. "Selection of Proper Template Complex for Modeling Protein-Protein Complex" The 15th International Conference on Genome Informatics (GIW 2004), パシフィコ横浜, 12.13〜12.15, 2004

  • Naoshi Fukuhara, Takeshi Kawabata, Nobuhiro Go. "Prediction of Protein-Protein Interaction Sites using Residue Interface Propensity" The 1st Pacific-Rim International Conference on Protein Science (PRICPS 2004), パシフィコ横浜, 4.14〜4.18, 2004

  • Naoshi Fukuhara, Takeshi Kawabata, Nobuhiro Go. "Prediction of Protein-Protein Interaction Sites using Residue Interface Propensity" 第２回 NAIST Bio-COE国際シンポジウム, 奈良先端科学技術大学院大学, 1.19〜1.20, 2004

  • Naoshi Fukuhara, Takeshi Kawabata, Nobuhiro Go. "Prediction of Protein-Protein Interaction Sites using Residue Interface Propensity" 国際シンポジウム "Frontiers in Bioinformatics: Structure, Interaction and Function", 京都市国際交流会館, 2.10, 2004

  • Naoto Yukinawa. "System Identification of Cell-cycle-regulated genes based on linear dynamical system model". 第２回 NAIST Bio-COE国際シンポジウム, 奈良先端科学技術大学院大学, 1.19〜1.20, 2004

  • 福原直志、川端猛、郷信広. 「表面アミノ酸分布を用いたタンパク質間相互作用サイトの予測」 特定領域研究「統合ゲノム」第６回ワークショップ, かずさアカデミアホール, 3.5〜3.6, 2004

  • 石部大介、植原克典、郷信広、川端猛. 「予測構造とモチーフを利用したタンパク質間配列間の弱い相同性の検出」 特定領域研究「統合ゲノム」第６回ワークショップ, かずさアカデミアホール, 3.5〜3.6, 2004

  • 行縄 直人, 吉本 潤一郎, 大羽 成征, 石井 信. (2004). 線形ダイナミカルシステムモデルの変分ベイズ推定による遺伝子発現時系列のシステム同定. 情報処理学会技術報告, 2004-MPS-51(4), 13-16.

  • 五十嵐 康伸, 作村 勇一, 石井 信. (2004). 前頭前野の持続的発火活動における減衰シナプスの役割に関するシミュレーション解析. 2004年日本神経回路学会全国大会, 112-113.

  • Yukinawa N, Yoshimoto J, Oba S, Ishii S:System identification of cell-cycle-regulated genes based on a linear dynamical system model, Pacific Symposium on Biocomputing (PSB) 2004. Hawaii, USA, 2004.1.6 -- 1.10.

• 2003
  • Sakumura, Y., Tsukada, Y., & Ishii S. (2003). "Spike Synchronization Represents Temporal Difference of Neural Population Activity in a Cortical Model". in New Horizons in Molecular Sciences and Systems: An Integrated Approach, pp.51. 沖縄県名護市 万国津梁館、Oct 16-18, 2003.

  • 福原直志、川端猛、郷信広 「表面アミノ酸分布に基づくタンパク質間相互作用サイトの予測」 日本生物物理学会第41回年会, 新潟コンベンションセンター, 9.23〜9.25, 2003

  • 植原克典、川端 猛、郷信広 「2次構造予測等を利用した蛋白質間の弱いアミノ酸配列相同性を検出する方法の開発」 日本生物物理学会第41回年会, 新潟コンベンションセンター, 9.23〜9.25, 2003

  • Daisuke Ishibe, Katsunori Uehara,Takeshi Kawabata, Nobuhiro Go. "Detection of Remote Homologue Using Predicted Structural Information". The 14th International Conference on Genome Informatics (GIW 2004), パシフィコ横浜, 12.13〜12.15, 2003, Genome Informatics 14:531-532(2003).

  • 目次正一,河野英俊、由良 敬、郷信広 「疎水性残基に囲まれていない水素結合が多いタンパク質の構造と機能」 第３回日本蛋白質科学会年会、2003.6.23〜6.25.

  • 目次正一、北尾彰朗、郷信広 「様々な観点からのタンパク質MDのトラジェクトリ必要長の計算」 日本生物物理学会第４１回年会、朱鷺メッセ新潟コンベンションセンター、2003.9.23 〜 9.25

  • Katsunori Uehara, Takeshi Kawabata, Nobuhiro Go. "A development of a method for recognizing remote homologue using seconday structure prediction and in and out predictions". NAIST Bio-COE International Symoposium, 奈良先端科学技術大学院大学, Jan 15-16, 2003.

• 2002
  • 目次正一、北尾彰朗、郷信広 「多次元パラボラエネルギーモデルを用いたタンパク質立体構造サンプリング問題へのアプローチ」 第２回日本蛋白質科学会年会、2002年6月13日-15日　名古屋国際会議場

  • 目次正一、北尾彰朗、郷信広 「多次元パラボラエネルギーモデルを用いたタンパク質MDのトラジェクトリ必要長の 計算」 日本生物物理学会第４０回年会、名古屋大学、2002.11.2 〜 11.4

  • 目次正一、北尾彰朗、郷信広 「多次元パラボラエネルギーモデルを用いたタンパク質MDのトラジェクトリ必要長の 計算」 第１６回分子シミュレーション討論会、新潟大学、 2002.12.16 〜 12.18