LastModified : May 23, 2006

査読付き論文 [13]

• 2006 [2]
  • Igarashi, Y, Sakumura, Y, Ishii, S. (2006). "The role of short-term depression in sustained neural activity in the prefrontal cortex: A simulation study". Neural Networks (to appear).

  • Muramatsu T, Suwa M. (2006). "Statistical analysis and prediction of functional residues effective for GPCR-G-protein coupling selectivity", Protein Eng Des Sel. Mar 24.

• 2005 [9]
  • Kita-Matsuo, H,Yukinawa, N, Matoba, R, Saito, S, Oba, S, Ishii, S. and Kato, K.(2005)."Adaptor-tagged competitive polymerase chain reaction: amplification bias and quantified gene expression levels". Analytical Biochemistry, 339, 15-28.

  • Yabuki,Y., Muramatsu,T., Hirokawa,T., Mukai,H., Suwa,M. (2005). "GRIFFIN: a system for predicting GPCR-G-protein coupling selectivity using a support vector machine and a hidden Markov model". Nucleic Acids Res. 33, W148-53.

  • Horai,H., Doi,K., Doi,H. (2005). Automatic Prediction of Enzyme Activity Based on Oligopeptides, Journal of Computer Aided Chemistry, 6:83-89.

  • Tomokazu Doi, Shinya Kuroda, Takayuki Michikawa, Mitsuo Kawato. (2005). "Inositol 1,4,5-trisphosphate-dependent Ca2+ threshold dynamics detect spike timing in cerebellar Purkinje cells". The Journal of Neuroscience, 25(4): 950-961

  • 行縄 直人, 吉本 潤一郎, 大羽 成征, 石井 信. 線形ダイナミカルシステムモデルの変分ベイズ推定による 遺伝子発現時系列 のシステム同定, 情報処理学会誌論文集「数理モデル化と問題解決」, 46(10), 57-65,(2005)

  • Metsugi, S. (2005) "Influence of Multidimensionality on Convergence of Sampling in Protein Simulation" Journal of the Physical Society of Japan, 74, 1865-1870.

  • Metsugi, S., Uenoyama,A., Adan-Kubo,J., Miyata, M., Yura,K., Kono, H., Go,N (2005). "Sequence analysis of the gliding protein Gli349 in Mycoplasma mobile ". BIOPHYSICS, 1, 33-43.

  • Naoki Honda, Yuichi Sakumura and Shin Ishii. (2005). "Local signaling with molecular diffusion as a decoder of Ca2+ signals in synaptic plasticity". Molecular Systems Biology msb4100035 E1-12, 2005.(EMBO and Nature Publishing Group).

  • Kinya Okada, Shigehiko Kanaya, and Kiyoshi Asai.(2005). "Accurate extraction of functional associations between proteins based on common interaction partners and common domains", Bioinformatics, 22, 2043-2048.

• 2004 [2]
  • Hozumi A, Satouh Y, Ishibe D, Kaizu M, Konno A, Ushimaru Y, Toda T, Inaba K. Local database and the search program for proteomic analysis of sperm proteins in the ascidian Ciona intestinalis. Biochem Biophys Res Commun. 2004 Jul 9;319(4):1241-6.

  • Uehara K, Kawabata T, Go N. "Filtering remote homologues using predicted structural information". Protein Eng Des Sel., 17, 565-570,(2004).

• 2003 [0]

査読付き学会発表 [5]

• 2005 [3]
  • Hisayuki Horai, Kouichi Doi, and Hirofumi Doi, Viewing the Proteome from Oligopeptides and Prediction of Protein Function, Genome Informatics, 16(2): 174-182, oral presentation in GIW 2005, Pacifico Yokohama, 2005 December 19-21.

  • Yukinawa N, Oba S, Kato K, and Ishii S: Multi-class pattern classification based on a probabilistic model of combining binary classifiers. International Conference on Artificial Neural Networks (ICANN 2005), Lecture Notes in Computer Science 3697, 337-342 (2005). 2005年9月11日〜15日 Gromada Hotel (Warsaw, ポーランド) 口頭発表

  • 中川 隆公, 大平 美紀, 行縄 直人, 大羽 成征, 鈴木 郁美, 石井 信, 花本 尊之, 神山 俊哉, 中西 一彰, 高橋 将人, 富岡 伸元, 伊藤 智雄, 蒲池 浩文, 植村 一仁, 平田 隆洋, 久保 浩之, 松下 通明, 中川原 章, 藤堂 省: cDNA microarrayを用いた肝細胞癌の遺伝子解析: 予後予測を含めた臨床応用への試み. 日本外科学会雑誌第106巻臨時増刊号2005年 第105回日本外科学会定期学術集会抄録集, pp. 125, (2005). 2005年5月11日〜13日 名古屋国際会議場 口頭発表

• 2004 [2]
  • Igarashi, Y, Sakumura, Y, Ishii, S. The role of short term depression for sustained neural activities in the prefrontal cortex: a simulation study, International Symposium on Nonlinear Theory and its Applications (NOLTA) 2004, 509-512 (2004). 2004年11月29日〜12月3日、ア クロス福岡 口頭発表

  • Yukinawa N, Yoshimoto J, Oba S, Ishii S: Modeling gene expression dynamics based on a linear dynamical system model. International Symposium on Nonlinear Theory and its Applications (NOLTA) 2004, 577-580 (2004). 2004年11月29日〜12月3日、アクロス福岡 口頭発表
• 2003 [0]

査読なし学会発表 [65]

• 2006 [3]
  • 深田 智史, 作村 諭一, 加藤 薫, 石井 信 「アクチンフィラメントによる成長円錐の糸状仮足伸長メカニズム」 電子情報通信学会技術研究報告 ニューロ コンピューティング研究会(NC), 2006年3月15日-17日, 玉川大学, 口頭発表

  • 岩西雄大、三森智裕、蓬莱尚幸、土井晃一、土居洋文「Conditional Random Fields法を用いたシグナルペプチドの開裂部分の予測」IPSJ SIGBIO 4. 2006年2月10日, 北海道大学　口頭発表.

  • Itoyama, M., Kobayasi, H., Amin, MA., Kurokawa, K., Kanaya , S., “Gene Classification for Arabidopsis thaliana based on expression profiles utilized by 1000 GeneChip” The Asia-Pacific Bioinformatics Conference:APBC2006,2006年1月3日−7日 Taipei in Taiwan　ポスター発表

• 2005 [23]
  • Igarashi, Y, Sakumura, Y, Ishii, S. "Short-term depression stabilizes sustained neural activities in the prefrontal cortex: a computational study". Society for Neuroscience, 35th Annual Meeting, Washington DC, November 2005, ポスター発表

  • Ikumi S., Shigeyuki O., Shin I. "A Selection Criterion for Robust Classifiers: Camcer Prognosis with Microarray Gene Expression". 2005年12月19日-21日 The 16th International Conference on Genome Informatics (GIW). ポスター発表

  • 田中宏幸、Md. Altaf-Ul-Amin、黒川 顕、金谷 重彦 「Polypurine/polypyrimidine配列の比較ゲノム解析」 日本分子生物学会第28回年会, 2005年12月7日~10日、福岡 ヤフードーム ポスター発表

  • 秋田 一、真保 陽子、中村 由紀子、小川 倫洋、Md.Altaf-Ul-Amin、黒川 顕、金谷 重彦 「微生物ゲノムにおける塩基組成偏倚の体系化」 第28回日本分子生物学会年会, 2005年12月7〜10日, ポスター発表

  • 田中宏幸、Md. Altaf-Ul-Amin、黒川 顕、金谷 重彦 「Polypurine/polypyrimidine配列の比較ゲノム解析」 DNA構造を基盤とするゲノム生理学の展開, 2005年11月17日~18日、岡崎コンファレンスセンター

  • 鈴木郁美, 大羽成征, 平山淳一郎, 石井　信 「テスト性能の分散を考慮したロバストな判別器の選択基準」 電子情報通信学会　非線形問題研究会 (NLP)/ニューロコンピューティング研究会(NC), 2005年11月18日-19日, 九州工業大学, 口頭発表

  • 土居智和、黒田真也、道川貴章、銅谷賢治、川人光男. 小脳長期抑圧の入力選択性が自発発火頻度依存で調節される. 日本神経回路学会第15回全国大会、鹿児島大学、2005年9月、口頭発表+ポスター発表

  • Tomokazu Doi, Shinya Kuroda, Takayuki Michikawa, Kenji Doya, Mitsuo Kawato "Spontaneous activity of parallel fibers autoregulates the amount of AMPA receptors to elicit cerebellar LTD for supervised learning". Society for Neuroscience 35th Annual Meeting, Washington DC, November 2005、ポスター発表

  • Naoshi Fukuhara, Takeshi Kawabata, Nobuhiro Go. "Accuracy of Protein-Protein Interface Prediction using Homology Modeling" The 10th Pacific Symposium on Biocomputing (PSB 2005), ハワイ島 The Fairmont Orchid, 1.4〜1.8, 2005. ポスター発表。

  • Honda Naoki, Yuichi Sakumura and Shin Ishii, Spatial Issues on Ca2+ Signaling: Local Signaling with Molecular Diffusion in Synaptic Plasticity. International Student Symposium on Molecular Cell Biology (oral presentation), Nara Institute of Science and Technology, Nara, Japan, December 2005.

  • Yukinawa N, Oba S, Kato K, and Shin Ishii: Optimal Aggregation of Binary Classifiers: A Novel Multi-class Predictor for Gene Expression Profiling-based Diagnosis of Tumors. 第4回 NAIST Bio-COE 国際シンポジウム, (2005). 2005年12月15日〜16日 奈良先端科学技術大学院大学 ポスター発表

  • Honda Naoki, Yuichi Sakumura and Shin Ishii, Local signaling with diffusion process as a decoder of Ca2+ signals in synaptic plasticity. EMBO workshop -The Assembly and Function of Neuronal Circuits- (poster presentation), Ascona, Switzerland, September 2005.

  • 本田 直樹, 作村 諭一, 石井 信, シナプス可塑性における拡散に基づいたカルシウムシグナル局所分子制御, 日本神経回路学会 第15回全国大会（ポスター発表）, 鹿児島大学 稲盛会館, 2005年 9月

  • 及川雅隆、米谷佳晃、郷信広 「熱力学積分法を用いたペルオキシダーゼとリガンドの相互作用の自由エネルギー計算」 第19回分子シミュレーション討論会, 2005年11月29日〜12月1日、自然科学研究機構 岡崎コンファレンスセンター, ポスター発表

  • 福原直志、川端 猛、郷信広 「統計ポテンシャルを用いたタンパク質間相互作用予測」日本生物物理学会第43回年会, 2005年11月23日〜25日、札幌コンベンションセンター　ポスター発表

  • 福原直志、川端 猛、郷信広 「統計ポテンシャルを用いたタンパク質間相互作用予測」日本蛋白質科学会第5回年会, 2005年6月30日〜7月2日、福岡国際会議場　ポスター発表

  • 行縄 直人, 大羽 成征, 加藤 菊也, 石井 信: 二値分類器組み合わせの確率モデルによる多クラスパターン識別. 電子情報通信学会技術研究報告 NC2004-224, Vol.104, No.760, pp.183-187 (2005). 2005年3月28日〜30日 玉川大学 口頭発表

  • 行縄 直人, 大羽 成征, 加藤 菊也, 石井 信: 二値分類器集合による遺伝子発現プロファイルからの癌サブクラス識別法. 情報処理学会バイオ情報学研究会 No. 1, 2005-BIO-1, pp. 9-15 (2005). 2005年7月25日 産業技術総合研究所 臨海副都心センター 口頭発表

  • Naoshi Fukuhara, Takeshi Kawabata, Nobuhiro Go. "Selection of Proper Template Complex for Modeling Protein-Protein Complex" (オーラル & ポスター) NAIST 21st Century Bio-COE Program International Symposium, 奈良県新公会堂, 1.17〜1.19, 2005

  • 森村哲郎、内部英治、銅谷賢治．「割引報酬のもとでの強化学習におけるTD誤差を利用した自然方策勾配法」　2005年3月28〜30日　玉川大学工学部校舎　口頭発表

  • 秋冨穣、小林和夫、小笠原直毅、Md.Altaf-Ul-Amin、黒川顕、金谷重彦 「枯草菌マイクロアレイデータからのプロモーター予測」第7回微生物ゲノム研究のフロンティア、2005年3月5日〜6日 かずさアカデミアホール　ポスター発表

  • 秋田 一、真保 陽子、中村 由紀子、小川 倫洋、Md.Altaf-Ul-Amin、黒川 顕、金谷 重彦 「微生物ゲノムにおける塩基組成偏倚の体系化」 文部省科学研究費補助金・特定領域研究・統合ゲノム主催・第6回ワークショップ・微生物ゲノム研究のフロンティア, 2005年3月5〜6日, ポスター発表

  • 深田智史,作村諭一,加藤薫,石井信. (2005).「アクチンフィラメント伸張応答のアクチン濃度依存性」日本神経回路学会第15回全国大会(JNNS2005), pp.54-55.ポスター発表

• 2004 [24]
  • Akitomi J., Kurokawa K., Kanaya S., “Prediction of transcription units and sigma-regulation of gene on Bacillus subtilis genome.” グラム陽性菌のゲノム生物学研究会(2004)、焼津グランドホテル　ポスター発表

  • Muramatsu,T., Suwa,M. “Sequence Alignment Tool of Membrane Protein” 2004. International Conference on Genome Informatics (GIW) 2004. 2004年12月13日−15日 パシフィコ横浜 ポスター発表

  • 田中宏幸、Md. Altaf-Ul-Amin、黒川 顕、金谷 重彦 「Polypurine/polypyrimidine配列の比較ゲノム解析」 DNA構造を基盤とするゲノム生理学の展開,2004年11月4日~5日、岡崎生理学研究所

  • 土居智和、黒田真也、道川貴章、川人光男. IP3-dependent Ca2+ threshold dynamics detect spike-timing for synaptic plasticity in cerebellar Purkinje cells. 第76回日本生化学会大会、パシフィコ横浜、2004年10月、口頭発表+ポスター発表

  • Naoshi Fukuhara, Takeshi Kawabata, Nobuhiro Go "Prediction of Protein-Protein Interaction Sites using Residue Interface Propensity" UMN / NAIST Joint workshop "Systems Analysis of Biological Processes", ミネソタ大学, 7.22〜7.23, 2004

  • Yuki Tsukada, Yuichi Sakumura, Shin Ishii "Specio-Temporal Gradient Detection of Model Growth Cones" UMN / NAIST Joint workshop "Systems Analysis of Biological Processes", ミネソタ大学, 7.22〜7.23, 2004

  • Naoki Honda, Yuichi Sakumura, Shin Ishii "Spatial Effects on Ca²⁺ Signaling in Neurons : A Simulation Study" UMN / NAIST Joint workshop "Systems Analysis of Biological Processes", ミネソタ大学, 7.22〜7.23, 2004

  • Naoshi Fukuhara, Takeshi Kawabata, Nobuhiro Go. "Selection of Proper Template Complex for Modeling Protein-Protein Complex" The 15th International Conference on Genome Informatics (GIW 2004), パシフィコ横浜, 12.13〜12.15, 2004

  • 行縄 直人, 吉本 潤一郎, 大羽 成征, 石井 信: 線形ダイナミカルシステムモデルの変分ベイズ推定による遺伝子発現時系列のシステム同定. 情報処理学会研究報告, 数理モデル化と問題解決研究会 No.51, 2004-MPS-51(4), pp. 13-16, (2004). 2004年9月13日 口頭発表

  • Naoshi Fukuhara, Takeshi Kawabata, Nobuhiro Go. "Prediction of Protein-Protein Interaction Sites using Residue Interface Propensity" The 1st Pacific-Rim International Conference on Protein Science (PRICPS 2004), パシフィコ横浜, 4.14〜4.18, 2004

  • Naoshi Fukuhara, Takeshi Kawabata, Nobuhiro Go. "Prediction of Protein-Protein Interaction Sites using Residue Interface Propensity" 第２回 NAIST Bio-COE国際シンポジウム, 奈良先端科学技術大学院大学, 1.19〜1.20, 2004

  • Naoshi Fukuhara, Takeshi Kawabata, Nobuhiro Go. "Prediction of Protein-Protein Interaction Sites using Residue Interface Propensity" 国際シンポジウム "Frontiers in Bioinformatics: Structure, Interaction and Function", 京都市国際交流会館, 2.10, 2004

  • Muramatsu,T., Suwa,M. “Bioinformatics Analysis for the Receptor-G-protein coupling Selectivity”. Frontiers in Bioinformatics: Structure, Interaction and Function. 2004年2月10日 京都市国際交流会館 ポスター発表

  • Naoto Yukinawa. "System Identification of Cell-cycle-regulated genes based on linear dynamical system model". 第２回 NAIST Bio-COE国際シンポジウム, 奈良先端科学技術大学院大学, 1.19〜1.20, 2004

  • 福原直志、川端猛、郷信広. 「表面アミノ酸分布を用いたタンパク質間相互作用サイトの予測」 特定領域研究「統合ゲノム」第６回ワークショップ, かずさアカデミアホール, 3.5〜3.6, 2004

  • 石部大介、植原克典、郷信広、川端猛. 「予測構造とモチーフを利用したタンパク質間配列間の弱い相同性の検出」 特定領域研究「統合ゲノム」第６回ワークショップ, かずさアカデミアホール, 3.5〜3.6, 2004

  • 行縄 直人, 吉本 潤一郎, 大羽 成征, 石井 信. (2004). 線形ダイナミカルシステムモデルの変分ベイズ推定による遺伝子発現時系列のシステム同定. 情報処理学会技術報告, 2004-MPS-51(4), 13-16.

  • Yukinawa N, Yoshimoto J, Oba S, Ishii S:System identification of cell-cycle-regulated genes based on a linear dynamical system model, Pacific Symposium on Biocomputing (PSB) 2004. Hawaii, USA, 2004.1.6 -- 1.10.

  • Kinya Okada, Md. Altaf-Ul-Amin, Hirotada Mori, Shigehiko Kanaya, and Kiyoshi Asai “Characterizing protein function by integrating interaction data and domain information,” RECOMB 2004, poster

  • Kinya Okada and Kiyoshi Asai "ドメイン情報を用いたタンパク質間相互作用データの解析" 第4回 産総研 生命情報科学人材養成コース シンポジウム 2004, poster

  • Kinya Okada, Hiroyuki Oka, Masanori Arita, and Kiyoshi Asai ”Protein-protein interaction similarities based on Gene Ontology,” Minnesota Bioinformatics Workshop 2004, poster

  • 森村哲郎, 松山和裕, 林卓治, 鮫島和行, 銅谷賢治．「人の行動データの系列モンテカルロ法解析による意思決定モデルの検証」　脳と心のメカニズム　第5回夏のワークショップ「意志決定：心の物質基盤」2004年8月24日〜26日　NASPAニュ−オ−タニ　ポスター発表

  • 林卓治，鮫島和行，銅谷賢治．「強化学習における最適な割引率とは？」脳と心のメカニズム 第5回夏のワークショップ、2004年8月24-26日. ポスター発表

  • 須原 優一, 柴田 智広, 大賀 辰秀, 植木 美乃, 美馬 達哉, 石井 信. (2004). 自己回帰モデルを用いた脳波・筋電信号の相互作用解析と臨床応用. 第43回日本エム・イー学会予稿集, p.726.

• 2003 [9]
  • Daisuke Ishibe, Katsunori Uehara,Takeshi Kawabata, Nobuhiro Go. "Detection of Remote Homologue Using Predicted Structural Information". The 14th International Conference on Genome Informatics (GIW 2004), パシフィコ横浜, 12.13〜12.15, 2003, Genome Informatics 14:531-532(2003).

  • Tomokazu Doi, Shinya Kuroda, Takayuki Michikawa, Mitsuo Kawato Spike-timing detection by calcium signaling pathways of cerebellar Purkinje cells in different forms of long-term depression. Society for Neuroscience 33rd Annual Meeting, New Orleans, November 2003、口頭発表

  • 行縄 直人, 吉本 潤一郎, 大羽 成征, 石井 信: 線形ダイナミカルシステムモデルによる細胞周期制御のシステム同定. 日本神経回路学会第13回全国大会, pp.138-139, (2003). 2003年9月8日〜10日 法政大学 富士見校舎 ポスター発表

  • 福原直志、川端猛、郷信広 「表面アミノ酸分布に基づくタンパク質間相互作用サイトの予測」 日本生物物理学会第41回年会, 新潟コンベンションセンター, 9.23〜9.25, 2003

  • 植原克典、川端 猛、郷信広 「2次構造予測等を利用した蛋白質間の弱いアミノ酸配列相同性を検出する方法の開発」 日本生物物理学会第41回年会, 新潟コンベンションセンター, 9.23〜9.25, 2003

  • 目次正一,河野英俊、由良 敬、郷信広 「疎水性残基に囲まれていない水素結合が多いタンパク質の構造と機能」 第３回日本蛋白質科学会年会、2003.6.23〜6.25.

  • 目次正一、北尾彰朗、郷信広 「様々な観点からのタンパク質MDのトラジェクトリ必要長の計算」 日本生物物理学会第４１回年会、朱鷺メッセ新潟コンベンションセンター、2003.9.23 〜 9.25

  • 村松孝彦、諏訪牧子. 「位置特異的配列プロファイルを利用したGPCRのGタンパク質に対する共役特異性に関する解析」. 日本生物物理学会第41回年会, 2003年9月23日〜25日、新潟コンベンションセンター　ポスター発表

  • Katsunori Uehara, Takeshi Kawabata, Nobuhiro Go. "A development of a method for recognizing remote homologue using seconday structure prediction and in and out predictions". NAIST Bio-COE International Symoposium, 奈良先端科学技術大学院大学, Jan 15-16, 2003.

• 2002 [6]
  • 土居智和、黒田真也、道川貴章、川人光男. 小脳プルキンエ細胞への入力タイミングを検出するCa2+濃度に変換するシグナル伝達のシミュレーション.電気情報通信学会ニューロコンピューティング研究会、琉球大学、2002年6月、口頭発表

  • 土居智和、黒田真也、道川貴章、川人光男. シナプス入力タイミングを検出するシグナル伝達のシステム解析. 日本神経回路学会第12回全国大会、鳥取大学、2002年9月、口頭発表+ポスター発表

  • 目次正一、北尾彰朗、郷信広 「多次元パラボラエネルギーモデルを用いたタンパク質立体構造サンプリング問題へのアプローチ」 第２回日本蛋白質科学会年会、2002年6月13日-15日　名古屋国際会議場

  • 目次正一、北尾彰朗、郷信広 「多次元パラボラエネルギーモデルを用いたタンパク質MDのトラジェクトリ必要長の 計算」 日本生物物理学会第４０回年会、名古屋大学、2002.11.2 〜 11.4

  • 村松孝彦、諏訪牧子.「 Gタンパク質結合選択性に相関性のあるGPCRの配列及び構造的特徴」日本生物物理学会第40回年会, 2002年11月2日〜4日、名古屋大学 口頭発表

  • 目次正一、北尾彰朗、郷信広 「多次元パラボラエネルギーモデルを用いたタンパク質MDのトラジェクトリ必要長の 計算」 第１６回分子シミュレーション討論会、新潟大学、 2002.12.16 〜 12.18