LastModified : May 23, 2006

査読付き論文(reviewed paper) [16]

• 2006 [2]
  • Shinbo,Y. Nakamura,Y. Md.Altaf-Ul-Amin, Asahi,H. Kurokawa,K. Arita,M. Saito,K. Ohta,D. Shibata,D. Kanaya,S., (2006) “KNApSAcK: A Comprehensive Species-Metabolite Relationship Database”, Biotechnology in Agriculture and Forestry, 57 Plant Metabolomics, 165-181.

  • Ishii K, Washio T, Uechi T, Yoshihama M, Kenmochi N, Tomita M. (2006). "Characteristics and clustering of human ribosomal protein genes." BMC Genomics, Fen 28;7:37.

• 2005 [7]
  • Mitsumori,T., Fation S., Murata,M., Doi,K., Doi, H.(2005). "Gene/Protein Name Recognition based on Support Vector Machine using Dictionary as Features". BMC Bioinformatics, 6 Suppl 1:S8.

  • Nakamura, K., Go, N., (2005) "Function and molecular evolution of multicopper blue proteins", Cellular and Molecular Life Sciences, 62, 2050-2066.

  • Shinbo, Y., Nakamura, Y., Md. Altaf-Ul-Amin, Asahi, H., Kurokawa, K., Suzuki, H., Sakurai, N., Oikawa, A., Kitayama, M., Yana., M., Hira, MY., Saito, K., Ohta, D., Shibata, D., Kanaya, S., (2005) "KNApSAck: Natural product database system for searching relationships between metabolites and species". In Sulfur transport and assimilation in plants in the post genomic era (by Saito,K., De Kok,L.J., Stulen,I., Hawkesford,M.J., Schnug,E., Sirko,A., Rennenberg,H. eds) , 191-194, Backhuys.

  • Nakamura, Y., Shinbo, Y., Asahi, H., Md.Altaf-Ul-Amin, Kurokawa, K., Oikawa, A., Kimura, A., Ogura, T., Morishita, Y., Sakurai, N., Suzuki, H., Nishi, T., Hirai,Y.M., Yano, M., Saito, K., Ohta, D, Shibata, D., Kitayama, M., Kanaya, S., (2005) ”METABOLIX: Metabolome profiling system based on mass spectrometry. ”, In Sulfur transport and assimilation in plants in the post genomic era (by Saito,K., De Kok,L.J., Stulen,I., Hawkesford,M.J., Schnug,E., Sirko,A., Rennenberg,H. eds), 179-182, Backhuys.

  • Fujimori S, Washio T, Tomita M. (2005). "GC-compositional strand bias around transcription start sites in plants and fungi". BMC Genomics, 2005 Feb 28;6(1):26.

  • Ohashi Y, Yamashiro A, Washio T, Ishii N, Ohshima H, Michishita T, Tomita M, Itaya M. (2005). "In silico diagnosis of inherently inhibited gene expression focusing on initial codon combinations." Gene. 2005 Feb 28;347(1):11-9. Epub 2005 Jan 4.

  • Kitagawa N, Washio T, Kosugi S, Yamashita T, Higashi K, Yanagawa H, Higo K, Satoh K, Ohtomo Y, Sunako T, Murakami K, Matsubara K, Kawai J, Carninci P, Hayashizaki Y, Kikuchi S, Tomita M. "Computational analysis suggests that alternative first exons are involved in tissue-specific transcription in rice (Oryza sativa)." Bioinformatics. 2005 May 1;21(9):1758-63. Epub 2005 Jan 12.

• 2004 [3]
  • Kitamura-Abe S, Itoh H, Washio T, Tsutsumi A, Tomita M. (2004). "Characterization of the splice sites in GT-AG and GC-AG introns in higher eukaryotes using full-length cDNAs." J Bioinform Comput Biol. 2004 Jun;2(2):309-31.

  • Itoh H, Washio T, Tomita M. (2004). "Computational comparative analyses of alternative splicing regulation using full-length cDNA of various eukaryotes." RNA. 2004 Jul;10(7):1005-18.

  • Basu, G., Sivanesan, D., Kawabata, T., Go, N. "Electrostatic Potential of Nucleotide-free Protein is Sufficient for Discrimination Between Adenine and Guanine-specific Binding Sites", J. Mol. Biol. 342,053-1066 (2004).

• 2003 [2]
  • Nakamura,K., Kawabata,T., Yura,K., Go, N. "Novel types of two-domain multi-copper oxidases: Possible missing links in the evolution", FEBS Letters, vol 553, 239-244, (2003)

  • Matsuda,K., Nishioka,T., Kinoshita, K., Kawabata,T., Go,N. "Finding evolutionary relations beyond superfamilies: Fold-based Superfamilies". Protein Science, vol 12, 2239-2251, (2003).

• 2002 [2]
  • Oba, S., Sato, M., Takemasa, I., Monden, M., Matsubara, K., & Ishii, S. “Missing value estimation using mixture of PCAs”. Lecture Notes in Computer Science, 2415, 492-497, (2002).

  • Yoshioka, T., Morioka, R., Kobayashi, K., Oba, S., Ogasawara, N., Ishii, S. “Clustering of gene expression data by mixture of PCA models”. Lecture Notes in Computer Science, 2415, 522-527, (2002).

査読付き学会発表(reviewed conference) [9]

• 2006 [1]
  • Gong X., Nakamura K., Yura K., and Go N.(2006). "Toward Building Grid Applications in Bioinformatics", in 4th Australasian Symposium on Grid Computing and e-Research, 2006, Tasmania, Australia. pp. 17-23.

• 2005 [3]
  • Mitsumori,T., Fation S., Murata,M., Doi,K., Doi, H. "Extraction of Protein Interaction Information from Biomedical Text regarding E.coli". The 9th world Multi-COnference on Systematics, Cybernetics and Informatics. July 10-13, 2005.

  • Mitsumori,T., Murata,M., Doi,K. and Doi,H. (2005), "Semantic Role Labeling using Support Vector Machine", In Proceedings of the Conference on Computational Natural Language Learning (CoNLL-2005) Shared Task, 197-200.

  • Gong, X., Yura, K., Go, N. "A grid-based system for integrating bioinformatics application", IADIS International Conference Applied Computingg 2005, Alggarve, Portugal, Feb 22-25, 2005.

• 2004 [2]
  • Mitsumori,T., Fation,S., Murata,M., Doi,K., Doi,H. "Boundary Correction of Protein Names Adapting Heuristic Rules", Proceedings of Fifth International Conference on Intelligent Text Processing and Computational Linguistics (CICLing 2004), February 15-21, 2004.

  • Shinbo,Y., Nakamura,Y., Asahi,H., Md.Altaf-Ul-Amin., Kurokawa,K., Kanaya,S., “Species-specific diversity of metabolites”, 第10回　世界微生物株保存会議 2004年10月10-15日 つくば国際会議場(つくば市) 口頭発表

• 2003 [1]
  • Oba, S., Ishii, S. and Sato, M., Prior hyperparameters in Bayesian PCA. in Joint 13th International Conference on Artificial Neural Networks and 10th International Conference on Neural Information Processing (ICANN/ICONIP 2003)

• 2002 [2]
  • Tabata,Y., Imura,M., Kozuka,J., Minami,K., Shuzui,T.,Chihara,K. "Virtual Horseback Archery-kibakiba mushamusha -", International Workshop on Entertainment Computing, pp. 127-134(2002/5/16) Chiba, Japan.

  • Tabata,Y., Suga,M., Minato,K., Oshiro,O., Chihara,K., Nagata,S. "Developments of a peripheral vision system using immersive virtual environment, Proceedings of The 4th International Conference on Disability, Virtual Reality and Associated Technologies, pp. 131-136 (2002/9/19) Veszprem, Hungary.

査読なし学会発表(non-reviewed conference) [40]

• 2005 [10]
  • Xiujun Gong, Jitender Jit Singh Cheema, Kensuke Nakamura, Kei Yura, Nobuhiro Go, A Resource Discovery Service for Bioinformatics Applications in a Grid-Based Environment, GIW-2005, P022, Poster Presentation.

  • 鷲尾尊規、宮本悦子、柳川弘志「IVV法を用いたタンパク質間相互作用部位の同同定と構造データを用いたその精度の検証」分子生物学会 2005年12月 ポスター発表

  • 成房祐子、道瀬ひとみ、中東憲治、富樫貴、馬場知哉、森浩禎. 「代謝反応の動態解析−解糖系およびTCA回路の酵素群の定量−」　第28回日本分子生物学会年会、2005年12月7〜10日　福岡　ヤフードーム他　ポスター発表

  • Takenouchi, T. “Robust Boosting algorithm for multiclass classification by eta-divergence” 2nd International Symposium on Information Geometry and its Aookications 2005年12月12〜16　東京大学　山上会館 ポスター発表

  • 竹之内　高志.”ミスラベルを考慮したロバストな多値判別”.第8回情報論敵学習理論ワークショップ（IBIS2005），2005年11月9〜11日　早稲田大学　ポスター発表

  • 竹之内　高志．「ブースト法によるロバストな多値判別」 2005年統計関連学会連合大会，2005年9月12〜15日　広島プリンスホテル　口頭発表

  • Washio, T., Itoh,H., Tomita,T. "Computational comparative analyses of alternative splicing regulation using full-length cDNA of various eukaryotes". AACR: Oncogenomics 2005. Feb 2-6, 2005. Omni San Diego Hotel, San Diego, Carifornia, U.S.A.

  • Mitsumori,T., Sevrani, F., Murata, M., Doi, K., Doi, H. "Comparison of Methos for Extraction of Protein Interaction Information From Biomedical Text", Pacific Symposium on Biocomputing 2005,ハワイ, 1.4〜1.8, 2005.

  • Washio, T., Itoh,H., Tomita,T. "Computational comparative analyses of alternative splicing regulation using full-length cDNA of various eukaryotes". Pacific Symposium on Biocomputing 2005,ハワイ, 1.4〜1.8, 2005.

  • Matsuda, K., Nishioka,T., Kinoshita,K., Go,N. "Fold-Function Relationship of PLP-Dependent Enzymes". Pacific Symposium on Biocomputing 2005,ハワイ, 1.4〜1.8, 2005.

• 2004 [10]
  • Washio, T., Itoh,H., Tomita,T. "Computational comparative analyses of alternative splicing regulation using full-length cDNA of various eukaryotes". Symposium on Alternate Transcript Diversity - Data, Biology, and Therapeutics. Nov 22-23,2004, European Bioinformatics Institute, Hinxton, Cambrdigeshire, UK.

  • Gong X.J., Yura,K., Go,N. "BAAQ : A Grid-based Infrastructure for Integrating Bioinformatics Applilcations". Genome Informatics 2004 (GIW2004), パシフィコ横浜, 12.13〜12.15, 2004.

  • Matsuda, K., Nishioka,T., Kinoshita,K., Go,N. "Fold-Function Relationship of PLP-Dependent Enzymes". Genome Informatics 2004 (GIW2004), パシフィコ横浜, 12.13〜12.15, 2004.

  • 徳久淳師、城地保昌、上久保裕生、中川洋、北尾彰朗、片岡幹雄。 「非干渉性弾性中性子散乱プロファイルと蛋白質ダイナミクスの相関」 日本生物物理学会第４２回年会、京都国際会議場、12.13〜12.15, 2004.

  • Matsuda, K., Nishioka,T., Kinoshita,K., Go,N. "Fold-Function Relationship of PLP-Dependent Enzymes". Genome Informatics 2004 (GIW2004), パシフィコ横浜, 12.13〜12.15, 2004.

  • 鷲尾尊規,石井強太, 上地珠代, 吉浜麻生,剣持直哉,冨田勝 「ヒトリボソームタンパク質遺伝子の類似性と多様性に関する網羅的解析」、 日本分子生物学会、ポートピアアイランド、2004年12月8日（水）- 11日（土）

  • Nakamura, K, Kawabata,T., Yura,K, Go,N. "Novel Types of Two-Domain Multi-Copper Oxidases : Possible Missing Links in the Evolution". Biophysical Society 48th Annual Meeting, Baltimore, Maryland, USA, Februay 14-18, 2004.

  • Nakamura, K., Kawabata, T., Yura, K., Go, N. “Novel types of two-domain multi-copper oxidases: Possible missing links in the evolution”, Frontiers in Bioinformatics: Structure, Interaction and Function, 2004年2月10日 京都市国際交流会館イベントホール　ポスター発表

  • Bin Mohamad, S., Kawabata,T., Go,N. "Evolutionary Trace Analysis of Albumin Superfamily". Biophysical Society 48th Annual Meeting, Baltimore, Maryland, USA, Februay 14-18, 2004.

  • Mitsumori,T., Fation,S., Murata,M., Doi,K. and Doi,H. (2004), “Boundary Correction of Protein Names Adopting Heuristic Rules”, Pacific Symposium on Biocomputing (PSB) 2004, January 6 to 10, in Hawaii, USA ポスター発表.

• 2003 [9]
  • Matsuda K., Ymaguchi H., Ueno Y., Soga T., Fujita Y., Nishioka T. “Metabolome and Transcriptome analysis of Bacillus subtilis Cells Grown on Different Carbon Source” 1st IECS Conference on Systems Biology of E. coli、2003年6月23日-25日　鶴岡慶応義塾先端生命科学研究所、ポスター発表

  • 中村建介、川端猛、由良敬、郷信広. 「構造および機能からのCu-Oxidaseのドメイン進化過程に関する研究」　 第３回日本蛋白質科学会年会、2003年6月23〜25日　札幌コンベンションセンター　ポスター発表

  • 松田敬子、川端猛、木下賢吾、西岡孝明、郷信広 「Superfamilyを超えた蛋白質構造の進化的類縁関係　-Fold-based superfamily-」　日本生物物理学会 第４１回年会　2003年9月23〜25日　朱鷺メッセ新潟コンベンションセンター　ポスター発表

  • Matsuda, K., Soga, T., Fujita, Y., and Nishioka, T., “Metabolome and Transcriptome Analysis of Bacillus subtilis Cells Grown on Different Carbon Source” Pacific Symposium on Biocomputing (PSB) 2003. 2003年1月3日−7日 Kauai Marriott Resort & Beach Club (Lihue, Hawaii,米国) ポスター発表

  • Nakamura,K., Kawabata,T., Yura,K., Go,N. “Classification of Copper Binding Sites in Proteins” Pacific Symposium on Biocomputing (PSB) 2003. 2003年1月3日−7日 Kauai Marriott Resort & Beach Club (Lihue, Hawaii,米国) ポスター発表

  • Sivanesan,D., Basu,G., Kawabata,T., Go,N. “Electorostatic Discrimination of Adenine and Guanine by Proteins” Pacific Symposium on Biocomputing (PSB) 2003 2003年1月3日−7日 Kauai Marriott Resort & Beach Club (Lihue, Hawaii,米国) ポスター発表

  • Nakamura,K., Kawabata,T, Yura,K., Go,N. “Evolution of Copper-Binding Sites in Cu-Oxidases Estimated from Structural and Functional Similarities” The First Asian Meeting of Bioinorganic Chemistry (ASBIC) 2003年3月9日 岡崎国立共同研究機構　コンフェレンスセンター（岡崎） ポスター発表

  • Nakamura,K., Kawabata,T, Yura,K., Go,N. “Evolution of Copper-Binding Sites in Cu-Oxidases Estimated from Structural and Functional Similarities”. Seventeenth Symposium of The Protein Society, 2003年7月26〜30日, Boston, MA. ポスター発表

  • 大羽成征, 佐藤雅昭, 石井信. ベイズ的主成分分析事前分布ハイパーパラメータについて. 電子情報通信学会技術研究報告、 NC2002-166, pp.197-202, (2003).

• 2002 [11]
  • 松田敬子、川端猛、木下賢吾、西岡孝明、郷信広 「SCOPデータベースのスーパーファミリーを超えた進化的類縁関係- Fold-based Evolutionary Family-」　 第２回日本蛋白質科学会年会　2002年6月13日−15日　　名古屋国際会議場　ポスター発表

  • 吉岡琢、 石井信 「制約付き混合主成分分析によるクラスタリング」 電子情報通信学会技術研究報告, NC2002-37, 43-48. 口頭発表

  • 大羽成征、佐藤雅昭、石井信 「混合主成分分析モデルによる欠測データ予測」. 電子情報通信学会技術研究報告, NC2001-191, 181-186. 口頭発表

  • 菅幹生, 田畑慶人, 湊小太郎, 大城理, 千原國宏, 永田啓 「没入型提示装置を用いた周辺視野計測システムの開発」,　第41回日本エム・イー学会大会プログラム・ 抄録集, 125-04, p.135,2002年5月9日、口頭発表

  • 田畑慶人, 黒田知宏, 千原國宏 「指文字学習支援システムの構築」,　第41回日本エム・イー学会大会プログラム・抄録集, Vol.40, p.69　2002年5月9日、口頭発表

  • 田畑慶人, 村上満佳子, 黒田知宏, 千原國宏 「視覚的メタファを利用した手話学習システムのための指導手法」,第27回教育システム情報学会全国大 会講演論文集, pp.311-312 2002年8月30日、口頭発表

  • 田畑慶人, 湊小太郎, 松本圭一, 小久保雅樹, 千田道雄, 山本誠一 「胸腹部を対象としたCT画像とPET画像の位置合わせに関する一手法」，第22回医療情報学連合大会論文集, pp706-707,2002年11月14日〜16日、ポスター発表

  • Yoshioka, T., & Ishii, S., “Clustering for time-series gene expression data using mixture of constrained probabilistic PCA model” 9th International Conference on Neural Information Processing. 2002年11月, Royal Orchid Club (Singapore，Singapore) 口頭発表

  • Matsuda, K., Yamaguchi, H., Ueno, Y., Soga, T., Fujita, Y., & Nishioka, T.,“Metabolome and Transcriptome Analysis of Bacillus subtilis Cells Grown on Different Carbon Source” GIW2002 2002年12月16日−18日　恵比寿ガーデンプレース（東京）　ポスター発表

  • Sivanesan,D., Basu,G., Go,N. “The Role of Electrostatics in Discrimination of Adenine and Guanine by Proteins” GIW2002 2002年12月16日−18日　恵比寿ガーデンプレース（東京）　ポスター発表

  • Yoshioka, T., Kawase, N., & Ishii, S. “Correlation-based cluster analysis using mixture of constrained PCAs” GIW2002 2002年12月16日−18日　恵比寿ガーデンプレース（東京）　ポスター発表