＞＞論文業績　＜＜ Nakamura, K., Kawabata,T., Yura,K., Go, N. (2003) "Novel types of two-domain multi-copper oxidases: Possible missing links in the evolution", FEBS Letters, 553, 239-244. Nakamura, K., Go, N., (2005) "Function and molecular evolution of multicopper blue proteins", Cellular and Molecular Life Sciences, 62, 2050-2066. Soga T., Ueno Y., Naraoka H., Matsuda K., Tomita M., Nishioka T. (2002) "Pressure-Assisted Capillary Electrophoresis Electrospray Ionization Mass Spectrometry for Analysis of Multivalent Anions" Analytical Chemistry 74, 6224-6229 Britz-Mackibbin P., Markuszewski MJ., Iyanagi T., Matsuda K., Nishioka T., Terabe S. (2003) "Picomolar analysis of flavins in biological samples by dynamic pH junction-induced flourescence detection" Analytical Biochemistry 313, 89-96 Markuszewski MJ., Otsuka K., Terabe S., Matsuda K., Nishioka T. (2003) "Determination of pyridine and adenine nucleotide metabolites in Bacillus subtilis cell extract by sweeping borate complexation capillary electrophoresis" Journal of Chromatography A 1010, 113-121 Matsuda K., Nishioka T., Kinoshita K., Kawabata T., Go N. (2003) "Finding evolutionary relations beyond superfamilies : Fold-based superfamilies" Protein Science 12, 2239-2251 Basu, G., Sivanesan, D., Kawabata, T., Go, N. "Electrostatic Potential of Nucleotide-free Protein is Sufficient for Discrimination Between Adenine and Guanine-specific Binding Sites", J. Mol. Biol. 342,053-1066 (2004). Ohira, M.*, Oba, S.*, Nakamura, Y., Isogai, E., Kaneko, S., Hirata, T., Kubo, H., Goto, T., Yamada, S., Yoshida, Y., Ishii, S.,and Nakagawara, A. Expression profiling using a tumor-specific cDNA microarray predicts the prognosis of intermediate-risk neuroblastomas. Cancer Cell, 7(4), pp.337-350, (2005) *equally contributed Mitsumori,T., Fation,S., Murata,M., Doi,K. and Doi,H. (2005) "Gene/Protein Name Recognition based on Support Vector Machine using Dictionary as Features", BMC Bioinformatics 6 Suppl 1:S8. Shinbo, Y., Nakamura, Y., Md. Altaf-Ul-Amin, Asahi, H., Kurokawa, K., Suzuki, H., Sakurai, N., Oikawa, A., Kitayama, M., Yana., M., Hira, MY., Saito, K., Ohta, D., Shibata, D., Kanaya, S., KNApSAck: Natural product database system for searching relationships between metabolites and species.(2006), Sulfur transport and assimilation in plants in the post genomic era, (Eds. Saito,K., Dekok, L.J., Stulen, I., Hawkesford, M.J., Scnug, E., Sirko, A., Rennenberg, H., ), pp.191-194. Nakamura, Y., Shinbo, Y., Asahi, H., Md.Altaf-Ul-Amin, Kurokawa, K., Oikawa, A., Kimura, A., Ogura, T., Morishita, Y., Sakurai, N., Suzuki, H., Nishi, T., Hirai,Y.M., Yano, M., Saito, K., Ohta, D, Shibata, D., Kitayama, M., Kanaya, S., METABOLIX: Metabolome profiling system based on mass spectrometry.(2006), Sulfur transport and assimilation in plants in the post genomic era, (Eds. Saito,K., Dekok, L.J., Stulen, I., Hawkesford, M.J., Scnug, E., Sirko, A., Rennenberg, H., ), pp.179-182. Ishii K, Washio T, Uechi T, Yoshihama M, Kenmochi N, Tomita M, "Characteristics and clustering of human ribosomal protein genes." BMC Genomics. In press. Fujimori S, Washio T, Tomita M. "GC-compositional strand bias around transcription start sites in plants and fungi." BMC Genomics. 2005 Feb 28;6(1):26. Ohashi Y, Yamashiro A, Washio T, Ishii N, Ohshima H, Michishita T, Tomita M, Itaya M. "In silico diagnosis of inherently inhibited gene expression focusing on initial codon combinations." Gene. 2005 Feb 28;347(1):11-9. Epub 2005 Jan 4. Kitagawa N, Washio T, Kosugi S, Yamashita T, Higashi K, Yanagawa H, Higo K, Satoh K, Ohtomo Y, Sunako T, Murakami K, Matsubara K, Kawai J, Carninci P, Hayashizaki Y, Kikuchi S, Tomita M. "Computational analysis suggests that alternative first exons are involved in tissue-specific transcription in rice (Oryza sativa)." Bioinformatics. 2005 May 1;21(9):1758-63. Epub 2005 Jan 12. Kitamura-Abe S, Itoh H, Washio T, Tsutsumi A, Tomita M. "Characterization of the splice sites in GT-AG and GC-AG introns in higher eukaryotes using full-length cDNAs." J Bioinform Comput Biol. 2004 Jun;2(2):309-31. Itoh H, Washio T, Tomita M. "Computational comparative analyses of alternative splicing regulation using full-length cDNA of various eukaryotes." RNA. 2004 Jul;10(7):1005-18. ＞＞査読付き学会発表＜＜ Yoshito Tabata, Mikio Suga, Kotaro Minato, Osamu Oshiro, Kunihiro Chihara, Satoru Nagata: Developments of a peripheral vision system using immersive virtual environment, Proceedings of The 4th International Conference on Disability, Virtual Reality and Associated Technologies, pp.131-136 (2002/9/19) Veszprem, Hungary. Yoshioka, T., Morioka, R., Kobayashi, K., Oba, S., Ogasawara, N., & Ishii, S. Clustering of gene expression data by mixture of PCA models. International Conference on Artificial Neural Networks (ICANN 2002), Lecture Notes in Computer Science, 2415, Springer-Verlag, pp.522-527 (2002). Oba, S., Ishii, S. and Sato, M., Prior hyperparameters in Bayesian PCA. in Joint 13th International Conference on Artificial Neural Networks and 10th International Conference on Neural Information Processing (ICANN/ICONIP 2003) Mitsumori,T., Fation,S., Murata,M., Doi,K. and Doi,H. (2005) "Extraction of Protein Interaction Information from Biomedical Text regarding E. coli", In Proceedings of the the 9th　World Multiconference on Systemics, Cybernetics and Informatics (WMSCI 2005) . Mitsumori,T., Murata,M., Doi,K. and Doi,H. (2005), "Semantic Role Labeling using Support Vector Machine", In Proceedings of the Conference on Computational Natural Language Learning (CoNLL-2005) Shared Task, 197-200. Mitsumori,T., Fation,S., Murata,M., Doi,K. and Doi,H. (2004), "Boundary Correction of Protein Names Adopting Heuristic Rules", In Proceedings of the Fifth International Conference on Intelligent Text Processing and Computational Linguistics (CICLing-2004), 172-175. Gong X., Nakamura K., Yura K., and Go N., "Toward Building Grid Applications in Bioinformatics", in 4th Australasian Symposium on Grid Computing and e-Research, 2006, Tasmania, Australia. pp. 17-23. Gong X., Yura K., and Go N., "A Grid-based System for Integrating Bioinformatics Applications", in Proceedings of the IADIS International Conference: Applied Computing, 2005, Algarve, Portugal. Vol. 1, pp. 551-558. Yoko Shinbo, Yukiko Nakamura, Hiroko Asahi, Md.Altaf-Ul-Amin, Ken Kurokawa, Hirokazu Kobayashi, Masayoshi Wada, Shunichi Sakaguchi,Kazuaki Natsuhara, Toshiaki Tokimatsu, Masanori Arita and Shigehiko Kanaya Search Tool for Relationship between Metabolites and Species, The Fourth Asia Pacific Bioinformatics Conference(2006) Yoko Shinbo, Yukiko Nakamura, Md. Altaf-Ul-Amin, Hiroko Asahi, Ken Kurokawa, Hideyuki Suzuki, Nozomu Sakurai, Akira Oikawa, Masahiko Kitayama, Mitsuru Yano, Masami Yokota Hirai, Kazuki Saito, Daisaku Ohta, Daisuke Shibata and Shigehiko Kanaya KNApSAcK: search tool for species-specific diversity of metabolite, Metabolomics(2005) 中村由紀子、真保陽子、旭弘子、Md. Altaf-Ul-Amin、黒川顕、平井優美、矢野美弦、及川彰、森下宜彦、櫻井望、鈴木秀幸、西達也、斉藤和季、太田大策、柴田大輔、北山雅彦、金谷重彦 質量分析を基盤としたメタボローム解析システムと植物代謝物質データベースの構築 第46回日本植物生理学会年会、新潟、2005年3月 Shinbo,Y., Nakamura,Y., Asahi,H., Md.Altaf-Ul-Amin., Kurokawa,K., Kanaya,S., Species-specific diversity of metabolites, Proc.10 ICCC, pp61-64 (2004). Takenouchi, T., Eguchi, S., Ushijima, M. "GroupAdaBoost for selecting important genes". IEEE 5th Symposium on Bioinformatics and Bioengineering, 2005. 2005年10月19〜21日　University of Minnesota(米国)　口頭発表 ＞＞査読無し学会発表＜＜ 中村建介、川端猛、由良敬、郷信広、”Evolution of Copper-BindingSites in Cu-Oxidases Estimated from Structural and Functional Similarities”, The First Asian Meeting of Bioinorganic Chemistry, 2003年3月7?10日、岡崎国立共同研究機構・コンフェレンスセンター 中村建介、川端猛、由良敬、郷信広. 「構造および機能からのCu-Oxidaseのドメイン進化過程に関する研究」　第３回日本蛋白質科学会年会、2003年6月23〜25日　札幌コンベンションセンター ポスター発表 Nakamura,K., Kawabata,T., Yura,K., Go,N. “Classification of Copper Binding Sites in Proteins” Pacific Symposium on Biocomputing (PSB) 2003. 2003年1月3日−7日 Kauai Marriott Resort & Beach Club (Lihue, Hawaii,米国) ポスター発表 Nakamura, K., Kawabata, T., Yura, K., Go, N. “Evolution of Copper-Binding Sites in Cu-Oxidases Estimated from Structural and Functional Similarities”, Seventeenth Symposium of the Protein Society, 2003年7月26~30日　Boston Copley Marriott ポスター発表 Nakamura, K., Kawabata, T., Yura, K., Go, N. “Novel types of two-domain multi-copper oxidases: Possible missing links in the evolution”, Frontiers in Bioinformatics: Structure, Interaction and Function, 2004年2月10日 京都市国際交流会館イベントホール　ポスター発表 Nakamura, K., Yura, K., Go, N., “Novel types of two-domain multicopper oxidases”, VIth European Symposium of the Protein Society, 2005年4月30日~5月4日、Fira Palace Hotel (Barcelona, スペイン)　ポスター発表 松田敬子、川端猛、西岡孝明、木下賢吾、郷信広「SCOPデータベースのスーパーファミリーを越えた進化的類縁関係　- Fold-based Evolutionary Family -」　第二回日本蛋白質科学会年会、2002年6月13日-15日名古屋国際会議場、ポスター発表 西岡孝明，松田敬子，山口弘毅，上野由希，曽我朋義、藤田泰太郎「異なる炭素源で生育した枯草菌のメタボローム解析とトランスクリプトーム解析」文部科学省特定領域研究「ゲノム」４領域2002年合同班会議、2002年8月20日-23日　神戸ポートピアホテル、ポスター発表 Matsuda K., Ymaguchi H., Ueno Y., Soga t., Fujita Y., Nishioka T.　“Metabolome and Transcriptome analysis of Bacillus subtilis Cells Grown on Different Carbon Source”　Genome Informatics Workshop 2002、2002年12月16日-18日　恵比寿ガーデンプレース、ポスター発表 Matsuda K., Soga T., Fujita Y., Nishioka T. “Metabolome and Transcriptome analysis of Bacillus subtilis Cells Grown on Different Carbon Source” Pacific Symposium on Biocomputing (PSB) 2003. 2003年1月3日−7日 Kauai Marriott Resort & Beach Club (Lihue, Hawaii,米国) ポスター発表 西岡孝明，松田敬子，山口弘毅，上野由希，曽我朋義、藤田泰太郎 “異なる炭素源で生育した枯草菌のメタボローム解析とトランスクリプトーム解析”第５回ワークショップ微生物ゲノム研究のフロンティア、2003年3月1日-2日　かずさアカデミアホール、ポスター発表 Matsuda K., Ymaguchi H., Ueno Y., Soga T., Fujita Y., Nishioka T. “Metabolome and Transcriptome analysis of Bacillus subtilis Cells Grown on Different Carbon Source” 1st IECS Conference on Systems Biology of E. coli、2003年6月23日-25日　鶴岡慶応義塾先端生命科学研究所、ポスター発表 曽我朋義，上野由希，奈良岡寿子，松田敬子，藤田泰太郎，西岡孝明 “代謝中間産物の細胞内動態の網羅的化学分析法の開発” 文部科学省特定領域研究「ゲノム」４領域2003年合同班会議、2003年8月20日-22日　福岡シーホーク、ポスター発表 松田敬子、川端猛、木下賢吾、西岡孝明、郷　信広 “Superfamilyを超えた蛋白質構造の進化的類縁関係 -Fold-based superfamily-” 第41回生物物理学会、2003年9月23日-25日　新潟市朱鷺メッセ、ポスター発表 西岡孝明，松田敬子，曽我朋義，藤田泰太郎 “異代謝中間産物の細胞内動態の網羅的化学分析法の開発枯草菌のメタボローム” 文部科学省特定領域研究「ゲノム」４領域2004年合同班会議、2004年8月18日-20日　神戸ポートピアホテル、ポスター発表 Matsuda K., Nishioka T., Kinoshita K., Go N. “Fold-function relationship of PLP-dependent enzymes” Genome Informatics Workshop 2004、2004年12月13日-15日　PACIFICO横浜、ポスター発表 Matsuda K., Nishioka T., Kinoshita K., Go N. “Fold-function relationship of PLP-dependent enzymes” Genome Informatics Workshop Pacific Symposium on Biocomputing (PSB) 2005. 2005年1月4日−8日 Fairmont Orchid (Kailua-Kona, Hawaii,米国) ポスター発表 吉岡　琢，森岡涼子，大羽成征，石井　信，変分ベイズ法による遺伝子発現データの解析，電子情報通信学会ニューロコンピューティング研究会NC2001-190 (2002)． Sivanesan,D., Basu,G., Go,N. “The Role of Electrostatics in Discrimination of Adenine and Guanine by Proteins” GIW2002, Dec 16-28, 2002, Ebisu Garden Place, Tokyo, Poster Presentation 大羽成征, 佐藤雅昭, 石井信. ベイズ的主成分分析事前分布ハイパーパラメータについて. 電子情報通信学会技術研究報告、 NC2002-166, pp.197-202, (2003). Mitsumori,T., Fation,S., Murata,M., Doi,K. and Doi,H. (2005), “Comparison of Methods for Extraction of Protein Interaction Information From Biomedical Text”, Pacific Symposium on Biocomputing (PSB) 2005, January 4 to 8, in Hawaii, USA ポスター発表. Mitsumori,T., Fation,S., Murata,M., Doi,K. and Doi,H. (2004), “Boundary Correction of Protein Names Adopting Heuristic Rules”, Pacific Symposium on Biocomputing (PSB) 2004, January 6 to 10, in Hawaii, USA ポスター発表. 研究会など（査読なし） Horai,H, Baba,T., Doi,K., Mitsumori,T., Yamamoto,N., Mori,H., and Doi,H., ”Evaluation of Document Processing Techniques Towards Escherichia coli Bibliographic Database”, 第四回バイオ情報学研究会, 2006年2月 9日〜10日, 北海道大学. 岩西雄大, 三森智裕, 蓬莱尚幸, 土井晃一, 土居洋文, ”Conditional Random Fields 法を用いたシグナルペプチドの開裂部分の予測”, 第四回バイオ情報学研究会, 2006年2月 9日〜10日, 北海道大学. Sahruddin Bin Mohamad, Takeshi Kawabata, Nobuhiro Go. “Evolutionary Trace Analysis of Albumin Superfamily”. 48-th Annual Meeting of Biophysical Society, Baltimore, Maryland, USA, February 14-18, 2004. Poster Presentation. Gong X., Cheema J.J.S., Nakamura K., Yura K., and Go N., "A Resource Discovery Service for Bioinformatics Applications in a Grid-based Environment", in Genome Informatics Workshop, 2005, Yokohama, Japan. (Poster). Gong X., Yura K., and Go N., "BAAQ: A Grid-based Infrastructure for Integrating Bioinformatics Applications", in Genome Informatics Workshop, 2004, Yokohama, Japan. (Poster). Jitender Jit Singh Cheema, Xiujun Gong, Kensuke Nakamura, Kei Yura, Nobuhiro Go, BAAQ: A Platform for Integrating Bioinformatics Tools and Sharing Knowledge, 16th International Conference on Genome Informatics, GIW-2005, P-110, Poster Presentation. Xiujun Gong, Jitender Jit Singh Cheema, Kensuke Nakamura, Kei Yura, Nobuhiro Go, A Resource Discovery Service for Bioinformatics Applications in a Grid-Based Environment, GIW-2005, P022, Poster Presentation. 成房祐子、道瀬ひとみ、中東憲治、富樫貴、馬場知哉、森浩禎. 「代謝反応の動態解析−解糖系およびTCA回路の酵素群の定量−」　第28回日本分子生物学会年会、2005年12月7〜10日　福岡　ヤフードーム他　ポスター発表 1. 鷲尾 尊規、石井 強太、上地 珠代、吉浜 麻生、剣持 直哉、冨田 勝「ヒトリボソームタンパク質遺伝子の類似性と多様性に関する網羅的解析」分子生物学会 2004年12月 口頭発表 2. 鷲尾尊規、宮本悦子、柳川弘志「IVV法を用いたタンパク質間相互作用部位の同同定と構造データを用いたその精度の検証」分子生物学会 2005年12月 ポスター発表 3. Takanori Washio, Hitomi Itoh, Masaru Tomita "Computational comparative analyses of alternative splicing regulation using full-length cDNA of various eukaryotes." Symposium on Alternate Transcript Diversity - Data, Biology, and Therapeutics 22-23 Nov, 2004 European Bioinformatics Institute, Hinxton, Cambridgeshire, UK ポスター発表 4. Takanori Washio, Hitomi Itoh, Masaru Tomita "Computational comparative analyses of alternative splicing regulation using full-length cDNA of various eukaryotes." AACR: Oncogenomics 2005 Feb 2-6, 2005 Omni San Diego Hotel, San Diego, Calfornia, U.S.A. ポスター発表 5. Takanori Washio, Hitomi Itoh, Masaru Tomita "Computational comparative analyses of alternative splicing regulation using full-length cDNA of various eukaryotes." Pacific Symposium on Biocomputing 2005 January 4-8, 2005 Fairmont Orchid, Hawaii, U.S.A. ポスター発表 竹之内　高志.”ミスラベルを考慮したロバストな多値判別”.第8回情報論敵学習理論ワークショップ（IBIS2005），2005年11月9〜11日　早稲田大学　ポスター発表 竹之内　高志．「ブースト法によるロバストな多値判別」 2005年統計関連学会連合大会，2005年9月12〜15日　広島プリンスホテル　口頭発表 Takenouchi, T. “Robust Boosting algorithm for multiclass classification by eta-divergence” 2nd International Symposium on Information Geometry and its Aookications 2005年12月12〜16　東京大学　山上会館 ポスター発表