低GC含量のグラム陽性菌21種間における4,923種類のオーソログクラスターを、まずdnaA-boxコンセンサス配列の有無、続いてオーソログ遺伝子に対するdnaA-boxコンセンサス配列の相対位置による絞り込みを行った。さらにdnaA-boxコンセンサス配列の存在確率によるマトリックスを利用したオーソログクラスターの絞り込みを行い、最終的に37種類のオーソログクラスターを取り出すことができた。これらのクラスターについて各オーソログ遺伝子のマルチプルアラインメントを行い、dnaA-boxコンセンサス配列が特定の位置に整列するか否かを検討した。また、非コーディング領域にdnaA-boxコンセンサス配列が整列するオーソログクラスターについては、さらに絞り込み条件を緩和することで検討した。その結果、非コーディング領域の共通する位置に、dnaA-boxコンセンサス配列が整列するオーソログクラスターを同定することができた。これらのオーソログクラスター中の各オーソログ遺伝子と転写方向に隣接する遺伝子も他のオーソログクラスターに含まれていることが明らかとなり、隣接する遺伝子を含むオペロンの転写がdnaA-boxにより制御されている可能性を示唆できた。