基盤生命学特別演習 「立体構造のインフォマティクス」レポート課題

２００３年１０月１０日　川端　猛担当

レポート提出期限：１１月１０日（月）１２：００
レポート提出場所：生物化学専攻事務室

    ３つのPDBファイル(1flv,1mbd,1tro)を観察することにより、以下の問いに 答えなさい。

  1. PDBファイル1flv(Flavodoxin)を観察して、その２次構造のトポロジー図を描け
  2. PDBファイル1mbd(Myoglobin)を観察して、ヘムの鉄に配位しているアミノ酸残基名とその 残基番号を書け。
  3. PDBファイル1tro(TRP REPRESSOR)の静電ポテンシャルの分布を観察し、DNAとの結合エネルギー について考察せよ。また、TRP REPRESSORは、トリプトファンの合成を、トリプトファンの濃度によって 調節する蛋白質である。構造を観察することで、その制御メカニズムについて考察せよ。

    XF0450とXF0557の２つのアミノ酸配列の立体構造予測を行なうことにより、 次の問いに答えなさい。

  4. XF0450のLeu 84とLeu 95のうち、分子表面にあるのはどちらか。
  5. XF0557の４つの銅結合サイトの残基名残基番号を答えよ。